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Associated RNAi Experiments
Homology
BLAST of EMLSAG00000003253 vs. L. salmonis peptides
Match: EMLSAP00000003253 (pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s178:69468:102827:-1 gene:EMLSAG00000003253 transcript:EMLSAT00000003253 description:"maker-LSalAtl2s178-snap-gene-1.15") HSP 1 Score: 231.491 bits (589), Expect = 3.021e-79 Identity = 115/115 (100.00%), Postives = 115/115 (100.00%), Query Frame = 0
Query: 1 MKEAFVATLLGSGLFXLLLCCINSGSVDGRKIHQIFVYRRHAQNDCQLLLYSRPSFQGKLTSVNKTKRHIRAKEKSVETRGCGHHFGSLLHHILLYLNVNIIILSLHRQTVFCFV 115
MKEAFVATLLGSGLFXLLLCCINSGSVDGRKIHQIFVYRRHAQNDCQLLLYSRPSFQGKLTSVNKTKRHIRAKEKSVETRGCGHHFGSLLHHILLYLNVNIIILSLHRQTVFCFV
Sbjct: 1 MKEAFVATLLGSGLFXLLLCCINSGSVDGRKIHQIFVYRRHAQNDCQLLLYSRPSFQGKLTSVNKTKRHIRAKEKSVETRGCGHHFGSLLHHILLYLNVNIIILSLHRQTVFCFV 115
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of EMLSAG00000003253 vs. GO
Analysis Date: 2014-04-02 ( Blast vs. GO)
Total hits: 0
| Match Name | E-value | Identity | Description | |
|---|
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BLAST of EMLSAG00000003253 vs. L. salmonis peptides
Analysis Date: 2014-05-10 ( Blastp vs. self)
Total hits: 1
| Match Name | E-value | Identity | Description | |
|---|
| EMLSAP00000003253 | 3.021e-79 | 100.00 | pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s178:69468... | [more] |
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Alignments
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| LSalAtl2s178 | supercontig | LSalAtl2s178:69468..102827 - |
Analyses
This gene is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Logic name | ensemblgenomes |
| Description | maker-LSalAtl2s178-snap-gene-1.15 |
| Biotype | protein_coding |
| Evidence | IEA |
| Note | Hypothetical protein |
Cross References
External references for this gene
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
gene from alignment at LSalAtl2s178:69468..102827- Legend: mRNA Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >EMLSAG00000003253-686019 ID=EMLSAG00000003253-686019|Name=EMLSAG00000003253|organism=Lepeophtheirus salmonis|type=gene|length=33360bp|location=Sequence derived from alignment at LSalAtl2s178:69468..102827- (Lepeophtheirus salmonis)
ATGAAAGAGGCGTTTGTTGCAACCCTTTTAGGCAGTGGCCTCTTCMTCCT
TCTCCTATGTTGCATCAACTCTGGCTCGGTTGACGGAAGGAAAATCCATC
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GTTTACGGAGCTATCCAAATCAACTGCTTACAAAGTTGCCGAATCTTTCA
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ACATGTGGCCTCTTAGCTCGCCAAGCTAAACCCTTGGGAGTACTATTGGA
GTCTTGGAGAGAGAGTCCAATAAAAGTACATGTAATAATTGTGACTCTTT
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TTTGAGCGATTGACTTTGCTATGAGCCTCTACATTTAAGAGTTAAGATTT
CTGAATTACTGAATATATTTCGGGAAATAAATTGTAATATACATTATCCT
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GTTTTTTTTTCTTCCTCTATTATTCAAAAGATTTTTTGCGTTGTACCTTT
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GAAAATAATCTATTTCACCTTTGAGTAATAATAAAATATAGTAAATCATA
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ACAATTCCAGCCTTATTTTATAATAACACGTCACATATGTAATTTCAAAA
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TTATGTACCTCTTATTGACTCTTTCATCACTAAAATTAAATTCAAATCAA
TACTGCAGCTGGACTATACTTTTTAGAACAAAATACATTTTGTGAATGAA
ACCTTATTTATTTATACATCAAATAAGCTCCTTTGACGTAAAAACAACGA
AAAAACTAGGTATTATTCCTTTTCAAACAAAAATCTTAAAATATGATGTA
TAAAAATTTGATTAAACCTTTCATTTTATCTAAATTGGTTGATCAAATAT
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GAAAAACTTAAATCTGTTTTAGTTTCTGCCCTCAATAATAAACTCCTTTT
TTGGGTTGAATTCATGTTTAAAAAATGAGTGTTCCCCTGTGTATTTCAAC
GTCCATAGTCATATTTATATATATGTAAGTACATTAGTCAGTAACTACAT
TTTTTTTTATATTTTCTCATAAAGCAAAAATACCTTTTCTACTGGGAATA
AAAAAATGACTTTGGCAAAGTTTGAGTCCTCCCATGCCATTTTTAGCGTA
ATATATGCCATTTCGAGGTAGTAAATATCATTTGATTTGAAAAAAAATAA
ATATATATATATATATATATTTGGGTAAAAATTGCCATTTGTGGGCCTCT
TGTTAATATGATAGTATAAATCAAAAAATGTAATTTAATTTTAGGGGTAT
ACCATCTACAAAATATTGATCTCCGGTTTCTCTGTTTTATCAAACAGCAT
ATAGGATAATGTTCTTTTCTTTTTGTTCAACAAGTATCACTTCAACTAGG
GTTTGACTTTGATATGTTATGTTTGATAAAAAAAAGGAACCATAAATCTT
TGACCATGCCATAAAACATTAAAGAAATGGTGCACAATATTTTTATCTGA
TAAAAGGATACTAATAAACATAAAATTTACAATTTTTTATTCATAGCATC
ATGTTTGGCACGGTGGTACAAAAAGCTTAAAAATAGCCAGTTTTGACCCA
AAAATACAATTATTTTGAAAGTAAAATGTCTTGTACCATCCTAAAAATGG
CATGAGAGGCCTGTAACTATACCAAAGTCAATTTTTAAATCGTCCTTAAC
CGAAAAGGTCTTTATGCAGGCAGAGAAAAATATTAGCCTGTTCCGAAGGG
ATTGAGATAGGTTTGTTTAGTTCTGTGACTGATTTTTTATCAGTAAGCTG
AAGTACATGTTCCAGAATTATGAGTTCGATACCCATAAAGACATCATACG
CGGCATTCTGCAGGTGATGAAGTTAGTGAACGAATAGAAGCTCTCCAGGC
AATTGTGGGAGTTGGAAACCCATTGCCATGACGTTATCCGAGTAGAAGAG
ACTATGTGGCATGATTGATTACTTTTTTTAAACTTTTAAATGAAATTTCT
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