EMLSAG00000002529, EMLSAG00000002529-685295 (gene) Lepeophtheirus salmonis

Overview
NameEMLSAG00000002529
Unique NameEMLSAG00000002529-685295
Typegene
OrganismLepeophtheirus salmonis (salmon louse)
Associated RNAi Experiments

Nothing found

Homology
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592831068|gb|GAXK01126476.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp46716_c0_seq1 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 66.6254 bits (161), Expect = 5.051e-13
Identity = 38/83 (45.78%), Postives = 52/83 (62.65%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPK-KKASPENSSESIKPRPYWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGT 85
            RGD I+P++  AFPK KK   E +++S             GQ      GFTTVGK K+++KQYNSP +MYSE+ ++EIM +GT
Sbjct:  521 RGDKIVPSMNSAFPKPKKEELETATKSYSQMVLEKTGRLPGQ---KDQGFTTVGKAKMASKQYNSPMKMYSEDIIEEIMTQGT 760          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592891738|gb|GAXK01066637.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp4978_c0_seq1 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 52.373 bits (124), Expect = 2.034e-8
Identity = 27/84 (32.14%), Postives = 43/84 (51.19%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRPYWIRSIESGQGVRSS----SGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKE 83
            RGD+I+PN E  +P  K        ++    Y++ ++E+  G++        FTT GK  I   QYN P E Y E  +DE+ ++
Sbjct:  447 RGDHIVPNFEEIWPSNKDKSSKYKRNLIGMEYYMDAMEN-HGLKGHLPQPENFTTCGKLGIEINQYNCPIECYDEAVIDEMTED 695          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592933408|gb|GAXK01025145.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp189145_c0_seq1 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 50.8322 bits (120), Expect = 5.902e-8
Identity = 27/79 (34.18%), Postives = 43/79 (54.43%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRPYWIRSIESGQGVRSSS-GFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIM 81
            RGD+IIP+L+  FP K               Y+  ++  G G R     FTTVGK ++   +YN+P ++YS+  +DE++
Sbjct:  305 RGDHIIPSLKECFPIKSTEEYEQMSEQDRLAYYNEAMRLGLGSRLGQPFFTTVGKMRVKVPKYNNPRDLYSDGVMDEMI 541          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592899678|gb|GAXK01058697.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp1216411_c1_seq1 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 46.9802 bits (110), Expect = 1.032e-6
Identity = 27/86 (31.40%), Postives = 48/86 (55.81%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPEN-----SSESIKPRPYWIRSIESGQGV--RSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMK 82
            RGD+I+P+ E    + KA  +          +  + Y+  +++ G G+  +  + FTT GKP +   QYNSP E+Y ++ +DE++K
Sbjct:  167 RGDHIVPSFE-EISRSKAETDQVKVIKEGRHLTGKAYFKDAMK-GHGLPGKIPTSFTTCGKPYVENLQYNSPIEIYDDKTVDEMVK 418          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592781780|gb|GAXK01172788.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp1016609_c0_seq1 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 47.3654 bits (111), Expect = 1.250e-6
Identity = 29/85 (34.12%), Postives = 44/85 (51.76%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRPYWIRSIESG-QGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGTLE 87
            RGD+++PN++  FP K           +   Y+  ++  G Q       FTT+GK K+   +YN P ++YSE  +DE M  GT E
Sbjct:  424 RGDHVVPNMKECFPVKTEHDIVKMTDEEKLAYYEEAMRKGLQSRLIPHFFTTIGKMKVKTPKYNCPVDLYSETTMDE-MVSGTSE 675          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592899677|gb|GAXK01058698.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp1216411_c1_seq2 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 41.5874 bits (96), Expect = 2.377e-5
Identity = 18/49 (36.73%), Postives = 30/49 (61.22%), Query Frame = 0
Query:   36 WIRSIESGQGV--RSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMK 82
            + +    G G+  +  + FTT GKP +   QYNSP E+Y ++ +DE++K
Sbjct:  167 YFKDAMKGHGLPGKIPTSFTTCGKPYVENLQYNSPIEIYDDKTVDEMVK 313          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592776823|gb|GAXK01177745.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp5488910_c0_seq1 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 38.5058 bits (88), Expect = 3.137e-4
Identity = 14/29 (48.28%), Postives = 21/29 (72.41%), Query Frame = 0
Query:   52 FTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEI 80
            FT +GK K++  +YN P +MYSE  +DE+
Sbjct:  103 FTVIGKMKVTTPKYNCPVDMYSETTMDEM 189          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592942431|gb|GAXK01016122.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp204928_c0_seq1 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 38.891 bits (89), Expect = 7.935e-4
Identity = 22/78 (28.21%), Postives = 39/78 (50.00%), Query Frame = 0
Query:    6 DNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRPYWIRSIESGQ--GVRSSSG-FTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEI 80
            D ++P+ ++ +PK K                +  IE     G++ S G FT++GKP++  K  NS   ++SEE + E+
Sbjct:  380 DVVVPSFDMLYPKPKVEAN-----------MVDYIEDAMKTGIKGSCGMFTSLGKPRVKVKGANSSIGLFSEETIQEL 580          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592954417|gb|GAXK01004136.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp255602_c0_seq1 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 36.965 bits (84), Expect = 3.503e-3
Identity = 28/86 (32.56%), Postives = 43/86 (50.00%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKP---RPYWIRSIES-GQG-VRSSSGFTTVGKP-KISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKE 83
            RGD+I+P+ +  FP  +        S K    + Y+  ++E+ G G +     FTTVG    I   QYN P + Y E AL+E+  +
Sbjct:  342 RGDHIVPSFDEMFPGLRKDDHLDGTSRKKFIGQDYYKDAMENHGLGHMPQPDNFTTVGNTLGIEIHQYNCPIDAYGEGALEEMRSQ 599          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592892780|gb|GAXK01065595.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp4693_c0_seq2 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 36.1946 bits (82), Expect = 6.430e-3
Identity = 22/82 (26.83%), Postives = 40/82 (48.78%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRPYWIRSIES-GQG-VRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKE 83
            RG  I+P+ +  +P+                Y + +++  G G +     FTT G+  I   QYN+P E Y++E +D++ +E
Sbjct:  421 RGTFIVPSFDEIWPQAGKERAGKGSKRMGMDYILEAMQHHGLGHLPQPDNFTTCGRLGIEVNQYNNPIECYADETIDDMREE 666          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. L. salmonis peptides
Match: EMLSAP00000002529 (pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s14:1093206:1130691:1 gene:EMLSAG00000002529 transcript:EMLSAT00000002529 description:"augustus_masked-LSalAtl2s14-processed-gene-10.1")

HSP 1 Score: 176.022 bits (445), Expect = 2.919e-58
Identity = 87/87 (100.00%), Postives = 87/87 (100.00%), Query Frame = 0
Query:    1 MPSRGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRPYWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGTLE 87
            MPSRGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRPYWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGTLE
Sbjct:    1 MPSRGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRPYWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGTLE 87          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. L. salmonis peptides
Match: EMLSAP00000011910 (pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s83:648777:650831:1 gene:EMLSAG00000011910 transcript:EMLSAT00000011910 description:"maker-LSalAtl2s83-augustus-gene-6.20")

HSP 1 Score: 53.1434 bits (126), Expect = 3.475e-10
Identity = 30/85 (35.29%), Postives = 49/85 (57.65%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKA-SPENSSESIKPRPYWIRSIESGQGVRS----SSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKE 83
            RGD+I+PN E  +P KK    E     ++   Y+  ++ +G  +      +  FTTVGKP+I   QY+ P ++YSE+ L+E+ +E
Sbjct:   88 RGDHIVPNFEEIWPSKKGPKAERRKRGLE---YYYDAMTNGPQLSGFLPLAPNFTTVGKPQIYVNQYDCPIQVYSEDTLEEMKEE 169          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. nr
Match: gi|225713334|gb|ACO12513.1| (PDZ and LIM domain protein 3 [Lepeophtheirus salmonis])

HSP 1 Score: 167.933 bits (424), Expect = 4.670e-51
Identity = 82/84 (97.62%), Postives = 83/84 (98.81%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRPYWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGTLE 87
            RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSE IKPRPYWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGTL+
Sbjct:   88 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSEPIKPRPYWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGTLD 171          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. nr
Match: gi|225712494|gb|ACO12093.1| (PDZ and LIM domain protein 1 [Lepeophtheirus salmonis])

HSP 1 Score: 55.8398 bits (133), Expect = 2.227e-7
Identity = 25/91 (27.47%), Postives = 52/91 (57.14%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESI---------KPRPYWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGT 85
            RGD+I+PN +  + K+  +  N  +++         + + Y++ ++ +G   +  + FTTVGKP+    QY++P   YSE+ ++E+M++  
Sbjct:   86 RGDHIVPNFDELWGKQGQNTTNEHKTVAEQLQEGPQRGKEYFLHAMSAGLPGKKDTVFTTVGKPRAQVIQYDNPINCYSEDVINEMMEDNV 176          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. nr
Match: gi|669193513|gb|AII16462.1| (PDZ and LIM domain protein 1, partial [Paracyclopina nana])

HSP 1 Score: 55.0694 bits (131), Expect = 2.616e-7
Identity = 32/86 (37.21%), Postives = 45/86 (52.33%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFP----KKKASPENSSESIKPRPYWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGT 85
            RGD I+PN E  +P    K K  P      I    Y + +   G   + +  F+TVGKPK++  QY++P + YSEE LDE+    T
Sbjct:   75 RGDFIVPNFEEIWPSGKSKNKKGPSGPETGID---YILHASTVGIPGQRNLNFSTVGKPKVTVNQYDNPIQCYSEETLDEMTNSST 157          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. Tigriopus kingsejongenis genes
Match: maker-scaffold452_size166894-snap-gene-0.46 (protein:Tk11709 transcript:maker-scaffold452_size166894-snap-gene-0.46-mRNA-1 annotation:"pdz and lim domain protein 3")

HSP 1 Score: 110.153 bits (274), Expect = 3.617e-32
Identity = 51/90 (56.67%), Postives = 69/90 (76.67%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESI-------KPRPYWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGTL 86
            RGD+I+P++  AFP+K  + +  +  +       K +PYWIRSIE G G+++S+GFTTVGKPK+ +KQYNSP E+YSEEAL+EIMKEGTL
Sbjct:   87 RGDHIVPSMNEAFPRKGQTQDTVTNIVDEFDAPSKDKPYWIRSIEEGNGLKNSNGFTTVGKPKMCSKQYNSPLEIYSEEALEEIMKEGTL 176          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. Tigriopus kingsejongenis genes
Match: maker-scaffold261_size233860-snap-gene-1.24 (protein:Tk10683 transcript:maker-scaffold261_size233860-snap-gene-1.24-mRNA-1 annotation:"pdz and lim domain protein 3")

HSP 1 Score: 85.8853 bits (211), Expect = 4.871e-22
Identity = 42/85 (49.41%), Postives = 57/85 (67.06%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRPYWIRSIESGQGV--RSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEGTL 86
            RGDNI+P++   FPK K  P       KP+PY+ R +E    +  + + GFTTVGKPK++ KQY SP EMY EEAL+EI+ +GT+
Sbjct:  122 RGDNIVPSMGHMFPKAKKDPPAQELPSKPKPYYQRHLEETGELPGQQNKGFTTVGKPKMTTKQYMSPLEMYGEEALEEILDQGTI 206          
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. Tigriopus kingsejongenis genes
Match: maker-scaffold55_size446313-snap-gene-1.15 (protein:Tk00219 transcript:maker-scaffold55_size446313-snap-gene-1.15-mRNA-1 annotation:"pdz and lim domain protein 1")

HSP 1 Score: 54.6842 bits (130), Expect = 6.799e-11
Identity = 30/84 (35.71%), Postives = 47/84 (55.95%), Query Frame = 0
Query:    4 RGDNIIPNLELAFPKKKASPENSSESIKPRP---YWIRSIESGQGVRSSSGFTTVGKPKISAKQYNSPFEMYSEEALDEIMKEG 84
            RGD+I+PN E  +P  + S  N  +   P     Y + +++ G        FTTVGKPKI   QY++P E YS +++ E+ ++G
Sbjct:   86 RGDHIVPNFEEIWPSGRQS--NKKKECDPATGINYVLSAMQEGLPGSRGEVFTTVGKPKIECHQYDNPIECYSTQSIQEMSEKG 167          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of EMLSAG00000002529 vs. GO
Analysis Date: 2014-04-02 (Blast vs. GO)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000002529 vs. C. finmarchicus
Analysis Date: 2014-05-09 (TblastN vs C. finmarchicus TSA)
Total hits: 16
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|592831068|gb|GAXK01126476.1|5.051e-1345.78TSA: Calanus finmarchicus comp46716_c0_seq1 transc... [more]
gi|592891738|gb|GAXK01066637.1|2.034e-832.14TSA: Calanus finmarchicus comp4978_c0_seq1 transcr... [more]
gi|592933408|gb|GAXK01025145.1|5.902e-834.18TSA: Calanus finmarchicus comp189145_c0_seq1 trans... [more]
gi|592899678|gb|GAXK01058697.1|1.032e-631.40TSA: Calanus finmarchicus comp1216411_c1_seq1 tran... [more]
gi|592781780|gb|GAXK01172788.1|1.250e-634.12TSA: Calanus finmarchicus comp1016609_c0_seq1 tran... [more]
gi|592899677|gb|GAXK01058698.1|2.377e-536.73TSA: Calanus finmarchicus comp1216411_c1_seq2 tran... [more]
gi|592776823|gb|GAXK01177745.1|3.137e-448.28TSA: Calanus finmarchicus comp5488910_c0_seq1 tran... [more]
gi|592942431|gb|GAXK01016122.1|7.935e-428.21TSA: Calanus finmarchicus comp204928_c0_seq1 trans... [more]
gi|592954417|gb|GAXK01004136.1|3.503e-332.56TSA: Calanus finmarchicus comp255602_c0_seq1 trans... [more]
gi|592892780|gb|GAXK01065595.1|6.430e-326.83TSA: Calanus finmarchicus comp4693_c0_seq2 transcr... [more]

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BLAST of EMLSAG00000002529 vs. L. salmonis peptides
Analysis Date: 2014-05-10 (Blastp vs. self)
Total hits: 2
Match NameE-valueIdentityDescription
EMLSAP000000025292.919e-58100.00pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s14:109320... [more]
EMLSAP000000119103.475e-1035.29pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s83:648777... [more]
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BLAST of EMLSAG00000002529 vs. SwissProt
Analysis Date: 2017-02-10 (Blastp vs. SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000002529 vs. Select Arthropod Genomes
Analysis Date: 2017-02-20 (Blastp vs. Selected Arthropods)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000002529 vs. nr
Analysis Date: 2017-02-20 (Blastp vs. NR (2/2017))
Total hits: 3
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|225713334|gb|ACO12513.1|4.670e-5197.62PDZ and LIM domain protein 3 [Lepeophtheirus salmo... [more]
gi|225712494|gb|ACO12093.1|2.227e-727.47PDZ and LIM domain protein 1 [Lepeophtheirus salmo... [more]
gi|669193513|gb|AII16462.1|2.616e-737.21PDZ and LIM domain protein 1, partial [Paracyclopi... [more]
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BLAST of EMLSAG00000002529 vs. Tigriopus kingsejongenis genes
Analysis Date: 2018-04-18 (Blastp vs. Tigriopus kingsejongensis proteins)
Total hits: 3
Match NameE-valueIdentityDescription
maker-scaffold452_size166894-snap-gene-0.463.617e-3256.67protein:Tk11709 transcript:maker-scaffold452_size1... [more]
maker-scaffold261_size233860-snap-gene-1.244.871e-2249.41protein:Tk10683 transcript:maker-scaffold261_size2... [more]
maker-scaffold55_size446313-snap-gene-1.156.799e-1135.71protein:Tk00219 transcript:maker-scaffold55_size44... [more]
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Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
LSalAtl2s14supercontigLSalAtl2s14:1093206..1130691 +
Analyses
This gene is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
ensembl2013-09-26 .965016
Blast vs. GO2014-04-02
TblastN vs C. finmarchicus TSA2014-05-09
Blastp vs. self2014-05-10
Blastp vs. SwissProt2017-02-10
Blastp vs. Selected Arthropods2017-02-20
Blastp vs. NR (2/2017)2017-02-20
Blastp vs. Tigriopus kingsejongensis proteins2018-04-18
Properties
Property NameValue
Logic nameensemblgenomes
Descriptionaugustus_masked-LSalAtl2s14-processed-gene-10.1
Biotypeprotein_coding
EvidenceIEA
NotePDZ and LIM domain protein 3 [Lepeophtheirus salmonis]
Cross References
External references for this gene
DatabaseAccession
Ensembl Metazoa (gene)EMLSAG00000002529 (primary cross-reference)
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameSpeciesType
EMLSAT00000002529EMLSAT00000002529-698376Lepeophtheirus salmonismRNA


Sequences
The following sequences are available for this feature:

gene from alignment at LSalAtl2s14:1093206..1130691+

Legend: mRNA
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