EMLSAT00000006387, EMLSAT00000006387-702234 (mRNA) Lepeophtheirus salmonis

Overview
NameEMLSAT00000006387
Unique NameEMLSAT00000006387-702234
TypemRNA
OrganismLepeophtheirus salmonis (salmon louse)
Associated RNAi Experiments

Nothing found

Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
LSalAtl2s350supercontigLSalAtl2s350:159371..188858 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
ensembl2013-09-26 .965016
Properties
Property NameValue
Logic nameensemblgenomes
Biotypeprotein_coding
EvidenceIEA
Cross References
External references for this mRNA
DatabaseAccession
Ensembl Metazoa (transcript)EMLSAT00000006387 (primary cross-reference)
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesType
EMLSAG00000006387EMLSAG00000006387-689153Lepeophtheirus salmonisgene


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesType
EMLSAE00000027896EMLSAE00000027896-736824Lepeophtheirus salmonisexon
EMLSAE00000027897EMLSAE00000027897-736825Lepeophtheirus salmonisexon
EMLSAE00000027898EMLSAE00000027898-736826Lepeophtheirus salmonisexon
EMLSAE00000027899EMLSAE00000027899-736827Lepeophtheirus salmonisexon
EMLSAE00000027900EMLSAE00000027900-736828Lepeophtheirus salmonisexon
EMLSAE00000027901EMLSAE00000027901-736829Lepeophtheirus salmonisexon
EMLSAE00000027902EMLSAE00000027902-736830Lepeophtheirus salmonisexon
EMLSAE00000027903EMLSAE00000027903-736831Lepeophtheirus salmonisexon
EMLSAE00000027904EMLSAE00000027904-736832Lepeophtheirus salmonisexon
EMLSAE00000027905EMLSAE00000027905-736833Lepeophtheirus salmonisexon


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesType
polypeptide-auto773685auto773685Lepeophtheirus salmonispolypeptide
EMLSAP00000006387EMLSAP00000006387Lepeophtheirus salmonispolypeptide


Sequences
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of EMLSAP00000006387

>EMLSAP00000006387 ID=EMLSAP00000006387|Name=EMLSAP00000006387|organism=Lepeophtheirus salmonis|type=polypeptide|length=876bp
MDSCVYISDTDGGXSSAXPPAVQVKLAPKSPFLRQNDRPDSVITTSSIVS
NSSGSEEEPPLPVPLLLSSLPSSTPTLYAMSGLYTNNSSKPHLVKTNSTP
PSTHPTPPKEHGSSAQEDQLLFFSQDSASLQSTSKTFNHSVVKSKTLPAS
ASINGVSSSSFSHSSGVGVSGLPSSANCHRRQASTPVQLSLYNGAVGGGN
SAVKKAAYHPGHRRSHSHGHHRFPSACTHHHHSNHRRTGSSVIETLQTFS
CGSTEHCYERENSLALFLENLKKEQQSRYEKKELHEMQDELEDLRDCGLG
ACRPSWVLVMGIGSITFSLPHFLSDSHSIKSDINGSSTDNICRGPRIIPH
KSAEDLLIEKLPALGNIKSLAEGLPNPPLAPHNNQYNRKGNCIEEANESA
ALPIFIFMLSQLLLGCGGSPLFTLGTTYIDNHVKRDSSSMYIGVMYSMCA
FGPVCGFLLGAYLLSFYVDTGSSDISSLTLDSTDRHWVGMWWGGFLICGV
LMILISIPFFFFPKELKKEKVKVYIDDKYHHAKDPSIRPKHHSEQKSIKI
EDDNYGKDIKDIPRSTWKLLTNKIYIVTCLGACMELIIVSGFIFFLPKYL
ETQFNLSKSQASMFTGGIAIPGACIGIFFGGYILKRLQLRPKGAVQLVIF
FNFLCLACYVMLFFFGCDNVKMAGTTXPYYSNVNKTEPFTINLTASCNFG
CQCDMNDVQPVCGANGLTYFSPCHAGCTETGSRNNNYTDCACVVNTEEKY
LSSPIRRGKSGNNFAEVTVIPVATAGPCYTQCGMILPFMVLLFFMTLVVA
XXQMPVLMVVLRSVEEEEKAFALGIQFVIFRLFGYIPSPILFGNVIDSTC
ILWKSTCEGAAGGSCLMYDIEAFRYK
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mRNA from alignment at LSalAtl2s350:159371..188858+

Legend: exonpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>EMLSAT00000006387-702234 ID=EMLSAT00000006387-702234|Name=EMLSAT00000006387|organism=Lepeophtheirus salmonis|type=mRNA|length=29488bp|location=Sequence derived from alignment at LSalAtl2s350:159371..188858+ (Lepeophtheirus salmonis)
CTCAAGTGTCAAAGTAACTCGTAATACTCGGCAACAATAAAAATTTTAAT ATTGACAAATTATAAAAATATTTAATAATTTTTATCATTTATAATTTGTC ACTAAAAAAAACACCACACTTTGGCGATATTTTTATGTGTTTAGTGAATT TTAAAATTACTTATTTATTGAATTGGGTAAGTTGGTTTGGTTTTTTTTAC CTATTGTTTTGAATCTATGTATGTATTACTCTTCAGATATATTATTTTAA GAAACATATACTTAGTAATGTGTTGAAAGGAGTAATTTTCATAATCATGT ATGTAGTCAGCATACGGCTATTTTTGGAGAGGAGGGCAGTGTCCGAATCT CTTGTTGATCAAAATAATGTATTATTGCATAGTGGTTATTGCTACTAGTT CTGTACTGTTGTGTGGTTGGAGAATTAGGGGAACAGGGGGGAGGGTTGGT TCTTGAAGAATTATTGTAGTAGAGAAAGTGTTTTTTTTTTAATGTTTTTT GTCTTCAATTTTGGAACTACTTACAAAGAGGGAATGTAAACAGAAAGAGA GCGAAAAAAGGTTTTCTTCTCTCATGAACTATGTAACTAAAGTCATAACC TCATTTCTGTATCTTACAAATGAAAAAAAAAATAACAAAAAACAACAACT ACAATAAAATAACAAAAATAATGTTAGATAAAAACAAAAAAAAGAGTTTT TCTTCAATTTATTTGGTTGAAGAATGAACCATTATGTGCTTTTGTTGTTG TCGGTTAAATTTAAACAACTGAAGAATAAAAAACAAGGTTTATGATTACT TTCTCCTTCTCTAATAGTCATCACATCGTCATCCGACTAACGGGATTTTT ATTTTTTTTTGCAAAACCATCGATGGTTTAAGTATGAATTAAAGCACTTT CACCTACCATTGCTTGGTTCAAAGTTCATTCCGACTCTTCCTTCCCCCTA GAGATTGTATGTATGTATAATGTTTACTGTACAAATTCTCAAGGGTTCTT ACTTGTTTGTTATTAAAGAGTACTATTCAGCTCAACCCTTAAAAAAGTAT TTGATATATGTAGCCCGTTAAGACAAAAGCAATCTAAAATAATTTTTCTC AAAATTGAGTGTTGATTACCTTTTTTACAACAATTTGTACAAAATTGCAG CTTGTACTTACTCGGCATATATATTATGCAAAAAACTGACAAACTTAATA ATATAGCTCAGAGTCTTTAGTACAACACTTAAAAATTCAACCATTGATAA TCCTCTTAAGAATATTCCATTATTGCATTTGCATCATCACAAAAGCCATG TAAATTCTTAGTTAGTCATTTCATTTATGTGTTCCAACTTGTACAACTTG AAGTCTATACAAGATAAAAACAAGTTACAACTTCTATATTAAACTGCAAT TTTATGGTTAATATCGTATCAGGGGCGTTCGTAGGGGGGTGGGCTGGAGA GGCTGTKCCCCCCCCCCCCCCAATAAAGGATTTTTTCCTTTATTGCCCAG AAGGAAAAAAAAGTTAGGCCAAAATAGGGGTAATTTTTTTTTTTGTAAAA AGTTTTATATTTGAAATTTCATATTTTATGAACAGCTGTTTATTTTTGAA ATAATGTGTAAATAAATAGGGATTTTTGAATTTTTCGATTTTTTTCAAAA AAATTACAAAAACCAAGTACCCCTCAAAATATAATCAGCAGACGCCACTG AATATTGTTTTTTCTTTATTTATTTTCAAATTAAAATGGTATCTAGCACA GCAAAAATAGTCTGGAATTAACTGGAATTTATCTTTGCCAAATTCAGTTT TTTTATTGTCCCCAGCAGATAATACTTGTGAGCCTATTGAATGCAAACCA CATATAAATGTTTCGTAATAAGTAAGAATCAACCCCCCCTCGTCTTTTAA ATTTCTCTCTGTTCATATATATATAAAACCTGACCCCATATMCTGTTTTT WGTWCTAAAAATAGTCATATTTGATCTTCTTTTTTTTTTTTTTTATTATT TAAAGTGCTTCAAATGATTCAAACTATTTAAACGTACATTGGATTTTTTT ATTTATTATATGAACGCTATAAAAGTTGGAACTTTGGAGCCCATGTCTGT AAATCTGCTAGCTAGTGGGGGTAATGTGTAATGTCTCGTGCCGAACCTGG TTTGCAAATATGAAAGACCGTTTATGTAACTTTTTTATATACTAATAATA TTTTTATATATTATATATGATGAAAACATGGATGAGATATTTGTTGTTTT AAGAGGGTCGTCAAATCGAATGGATTTATATGTAGTAAATGTTGACATCT ATGTAACAAATTTGAATACAAAAACTACTTTAGTTACATGTTCCAATGTT TGAATATCAGCATGTTTTGATAAACTTTTTTATCGAATTTTGTAATTAGC AATTCCCATTGAATATTCATGTTGCTTTCTTTAAAACGTGTTGCAAAAAG TGTGAAATCATCTCTTGTATGTAAGTTTAAATAAACAAGTACTAAGCATT AAGTATCTCTTTGAAGTTTTGTAAATACCATACAACTACCAAATCAGAGA CTGTTAACAGGCGTGGTTACATTAAAACCATAATAAACCACTTTGATAAC ATCATATATTAAAGGGGAGAGTAGAATATTTGCACGGACTACAATGGATT TTACTCTAGCGGAGGATGACTCCACAACTATGTGTAAGAGACCACTTTGA CAATTTCTGTTCCCTGTACATTCACGTTATTTAACACTATTTTGTTCACC TCGGGACCAACTACAAGACCCGAAAAGTCTGGATGAGGACTGCTAGTTGA ATAGCTTTATCCTGGTGTGTATATGGACAGAGATGCACAAAATAGTCTCT GGGTAATTGGTTCTATTTGATTGTATGAATCTGAACTATTCGAAACATAA TGTTCATCAGTCAGTCCGCATTAGACTAATATTTTATCTTTTGGACTTTG ATACTTAAAGAATCTATAAATGATACGAAAACTGTACAACGACAAAATTT GGACTAAATAGGGGGGTTGGGGGGTTGGATGACCTTTTTTTATATACAAT ACTTCTTTTTTTTTGTAATTGAATATTCAACATTTTGGCAACAGGATTTT GTTTTTGCTTCTTTATAACAACCAATGTTTCTTACATCAAATATGATAAA TTTTGCTTACAATACATCAAATTATCTGACTGATATCCATTTTCCCCGGA TTTTGGCTTCTTTCTGACCTTGCTCACATTCCTTTGCCACCCTTACGGAG CTTCTATTTCAATCCCATTTCTATTCATTCATTCCCTAAGCTTGCAATTT TGATAGACCGTAAGGGAGGGGCAATAAAACTAAAAAATATGGAATATAAG TTGATTTGTCTATACATCCACACATTTAATCACAACGAGGCGTGATATAC ATATAAGAATATATAATAAGTTAGCCGTGTGGTTTCTGTTGATACGAGTA AATCTCAATGCATGTTATGTAGTAGTGTTTTTAAATGGAATCATCTCCCA TAGAGTGCTCTATATATTATATACATAATTTCAAGGTTTATGCCACACGA CTTGAAAGGAATCCATGTTTTGAGCCACTCTTCCTGGTGGTCGCGTTCAC TATTAAATATATATTATCCATTAATGTTGTATGTATGTTTTAATAGCTTC TATGTATGGAGTGTTGTTGTTTGCTATACCGGTCATAGTAGTACTCGACG TATTTAAAACGCTACTATACTCGGTTGGTAATGGAAGCGCTATTTGCTGC AGTMTCATTTACCCCGCCAATAACGAAACTCATTACATTTTTGAACTGGC CAAACAATGAAAATTGACGCCATCCCATTTCTGAGCATAGCCCCATCTCC TCCACTGAAAATCATTCGAGAAGTCCTGTAAGTGCATGTGCTTAACGAAT TTCCTGGACCAGTTTTTCTGCTCGTATTAAAAAAAAATTAGATAAAAAAA ATCCAAAAATCTACAGTTAGTGACAAAAAAATCAATTTAAAATCCTAGTA ACAAGCAAAAAATCTTCTTTTTTTTCTGTAGGGCAACAGTCCTTCCAGCC CTGCGGKCTCCCCCCCCCCGTCAAATGACTTCACTTAAWCAATTGACAAA CGTAATTTTACTTCTCTTTACAGGATTTACCTTTTTTTCTTTAATTTTTT GTGCAACATTTTTAACTGGAAAAAAAGATCGAGATACCGATATAAACAGT AGTATGCAAAAACAATACGAAAATATTGCTATTGCGACGACCACACTAAT AAAACTTTCATAATGAATCTGCGAAAAAAATAATGCAACACACCGCCTCA AATTATAAAGAGAAAATTTTAAAAGCCATATTCATTAATGGCTTTATACA AAAAAAGGAACAAAACAAAAAAAGAATTAGCAACATCCTATTTTCTATTT ACATTTGAAATAATAATAATTTCATATAAACAGTTATTTATGTATGTGTG AGATCTCTGATGATGATATGATATGATGTTCACGTTAGGTGGTTGTTGTT GTTGCAGGGCTCCTCCTGGGAGGAGCCAGTCACGGCGAGCATATTTTTAG TTACAAACTGCCTTTACATATGTATGAAATGAATGAGGAAATGATTCCAA CAAGGGAGTACATATTGCTCCAAATAATATACTAGAACATCATTCTAATA TTCATGTATACACAACACAAATCTTGTTGGAACCAKCTRTTTWTTTWTTY CGGGCATCTGCYGGMTMMGGGTAGMCTGTAGCCCCCCCCCCRRRCTCCCT 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GAAGAACAACAACATTTTCTTCTTTCTATGATTCCATATCTTGTACCTAT ATATATATATATGTCACTAAGATTTTAATCTTTTCTTGCATTTTGAAAGA ATGAACATACATATATAGATCTACATATACAATTCTGCTATTCAATTAAA AGTTTTATGATAACTGCGAGGCTATTTGGAACATATAAGCATTGAATGGA ACAGTTCTATTATGCTAATAATTATAATTAATTAGAACCTTTTATGTTAG GCTATATGGTTATGCTGGAGTGGCAAAATATAGATAGTTAAAGTTAAACC CTCTCCTATGTAAAATGTAGATACTACGTATACTCAACCTTGATCTTTCC TAGTGACATACTTTTATATAGCACGACCGGCTGTACACTTGATTAAATGA AACATTTCTGTACTGATCTCTCAATATATACTTTATTTCTTATTTTTTTT AAATTATACTATAATTGAGACACGAACAATTGTAAATTTAAAATAATAAA GAAAAGCAACTTCTTTGAATGATATTTGACATAAAAAAATCATTTGGACT AATATTTTATACATAAAAAACTACCTTAGTCAATTTGACCCCAAAGGGCT CGGTTAGTTAAGATTAGCCAAGGGATACACAATTAATATTTTGACATACT TGTAATAAGAAAACCATAAAACTCATATTATGTCATGACGCACTTTCCCA AAAGCGCCGTACCTATGCCAGTCTTGAAGTGACTACGAGCAAACCTTAAT CATATAGACTGGCTTTTCTCAGTTATTTGTTCCTTGAGGACATGCAAGTT TGATACACGTTTAGCAAATCCTCTGGCCTCAATACGTGCTCATAGGCTGT AGTCATGGGAGTTGAGGTCGAGCAAGGATGGAGCAGAGTAAAAAACATTT TTCATTCAATAAAATTATGGGGGCTGTAGTAGTTTAGGCTTCCCCAAGGT ATTGTAAACGTAGCAAAATAACGGGGGAAAAATATTTAAAATGTTTATAT ATAGTGTTGAAATCCATGTAGTTTTACATATTATTAAGATTGTTTTTATG TATTCATTGTAGAAGAAGATGGTGTCGAGCTAATCGATATGGACTCTTGT GTATACATTTCCGATACTGACGGTGGGKCCTCCTCMGCCCMCCCTCCCGC CGTTCAAGTCAAACTCGCACCCAAATCCCCTTTTCTTCGTCAGAATGATC GACCTGATTCCGTCATAACTACGTCTAGTATTGTGAGTAACAGTTCAGGA AGTGAAGAAGAGCCACCGCTGCCGGTACCGCTCTTGCTCTCATCTCTACC CTCATCTACTCCAACACTCTACGCCATGTCCGGACTTTACACCAATAACA GTAGTAAGCCTCATCTTGTGAAAACTAACAGTACTCCTCCGTCTACTCAT CCGACACCACCAAAAGAGCACGGATCATCCGCGCAAGAGGATCAGCTTCT CTTCTTCTCTCAGGACTCAGCATCCCTTCAGTCAACATCAAAAACATTCA ACCATTCGGTTGTCAAGTCCAAAACGCTTCCCGCCTCTGCATCCATCAAC GGCGTTTCCTCTAGTTCATTTAGCCACTCGAGTGGCGTTGGTGTTAGTGG ACTCCCCAGCAGTGCCAACTGTCATAGACGACAAGCATCTACTCCTGTAC AGCTATCTCTCTATAATGGAGCTGTCGGAGGGGGGAACAGTGCTGTTAAA AAGGCGGCATATCACCCTGGCCATAGAAGGAGTCATTCCCATGGACATCA TCGATTCCCTTCTGCCTGTACGCATCACCATCATTCCAACCATCGGAGAA CGGGCTCAAGTGTCATTGAAACTCTACAGACTTTTAGTTGTGGCTCTACG GAGCATTGCTACGAACGCGAAAACTCTCTTGCTCTATTCCTTGAGAATTT GAAGAAGGAACAACAAAGCAGGTAATGTAAATTACTTAAATATCTACTCA TTTACCTAACTCACATGTCCTTGAAGTTTCAAGTACTAAATGTTTTTAAT TTGACCTCCACTGAGTATATGTCTGTGTGTGTAGGCTATAGTGACAATTG TCTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTTCCCCACTTTTCCCCACAAATTCA ATTTGTTATCTTAATGTCAAAAATTACATTTCACCTACCGCTCCTGAGTT CTAGTCAAATCAATGAGGAATATTTTATATTTATGAGGTAGGACCTATAT AATAGCTACGTAGCCAAGCAATCATAATGACGGAGTCACATTATACTCAA AAATAATAGGTTGGCGAAAAATAATTTCGTATTTTTGGCTTTATTTGGCT TTTTATGAAGTGTTATAATCCTCTGATTTAAGCCAAGTATGTCCCATTCT GTTCGATAACTTGTTGATAACGAGAACCGAACTTGATAATGCATTTTCGT AGAATCCCTTGTCCCATAAACAAAAAACTCGGACAAACAATTTTCATGGG CCTCTGTTAGGGACAAATTTGTACACCCATGCGTGTAGGCCATAGACAGG GACAGGTGGTAGTCACCTGTTACCAGGTCCGGACAGTAGGTTGGATAAGA AATTTCCGTCTGAGCTCTTGTATGCGCCCTGGCGTTGTCTTGATTTGTCT CATATTCACCAATTCTGGGTGCTTCATTGCCAGTTTCAAACGGTCGAGTT GTTCATAGTTGAGGGCAGTATGTAGGAGGGGAATAAATAGCTCAACCCAT TGTTGTGCAAGGCGACCCGAAAGAGTATCAGCTCCGTATACATCGCAAAT GTTCTTCCTTGACAATAATTCACGACTAAACTCGTCAAGTGCAATACTGT CTAAAAAGCGTTTGTAGTATACACTCAAACCTTTACAACACCTTATCTCC 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GTGGGCATTTGAACTTGATAATATTCCACTGAATACTTATATTTTAGTAA TTTGTATAAAAATAGTCAAAAATTACATCAATAATATATTAATCATGAGT GGAATAATCAATTGATCAATTTAATCAATCATGATCTTCACCCTAAGGAC AGTAAAATCCTTCTTTTAAAATTCTTCATCTCATTTTTTGGTTGCAACTT GTACCRTTTCAGGGGCGTCCGCAGGGGTTGGGATGGAGGGTGTAGCCCTT CCCACAAATAAAGATTTTTTTCTTTTTACTAGAAAATTTAATATTTGAAT TTCTTTTCCAAAAAATTATAAAATTTGATATTTGTTTATAAAAAATGTAA TATTTGAATTTTTTTTCCAAAAAATTATAAAATTTTATATTTGTTTATAA AAAATGTAATATTTGAAATTTAAATTAATTTTTCAATCTTTTTTTTTTGA CAAAAAACTAAATTTTTCTTAACAACTGTGGATTTTTGAAAAAATTTCCC AAAAATTTAATATTTGGATTTTAAAAAAAAAATATTTTAAATTTATTTCT TCAAATTTTTCCCAAAAAATTTTGGTTTGGATTTTTTTTTAAACCCAAAA AATATATATATTTAATTATAATCCTGAGGACGCCCCTGAATTTGCTTATA CAAGAAACAATTTCTAATAAATCACAACTTGTACACATCATACAATATAT ATATAATTAATTGATCATGAAATGCAAAAAAATAAAACTTAGGAATCAAT AAAAATATTTAAACGTTACAAACGTATTGCCTCGTCAAAAAAGTGCTTAA ATCATGGGCACATACCCAATTTTAGAGTTGTTATATTTAGAAAATAATTC ATTTTTCTATAAACATCAGTAAAAACAGTCATTTACTTTGAAAATATAAA TAAAAAAGTCTCTATTTCTAACCGAAAATTGAAGGGTATCGATTAAAAAA 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