EMLSAG00000000211, EMLSAG00000000211-682977 (gene) Lepeophtheirus salmonis

Overview
NameEMLSAG00000000211
Unique NameEMLSAG00000000211-682977
Typegene
OrganismLepeophtheirus salmonis (salmon louse)
Associated RNAi Experiments

Nothing found

Homology
BLAST of EMLSAG00000000211 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592852355|gb|GAXK01105189.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp5861857_c0_seq1 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 27.335 bits (59), Expect = 8.135e+0
Identity = 8/24 (33.33%), Postives = 17/24 (70.83%), Query Frame = 0
Query:   35 DWTSWHQFEKSLKSNGPNDQIITQ 58
            DWT W  FE +L++  P ++++++
Sbjct:  207 DWTDWKAFELTLRTTLPTEKMLSR 278          
BLAST of EMLSAG00000000211 vs. L. salmonis peptides
Match: EMLSAP00000000211 (pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s102:521272:549412:-1 gene:EMLSAG00000000211 transcript:EMLSAT00000000211 description:"maker-LSalAtl2s102-snap-gene-5.9")

HSP 1 Score: 187.193 bits (474), Expect = 1.503e-62
Identity = 94/94 (100.00%), Postives = 94/94 (100.00%), Query Frame = 0
Query:    1 MVVVFSETGTEDKWRLSSSSFKPQGKKSFSSSSHDWTSWHQFEKSLKSNGPNDQIITQTRNRRGYIKRIFIFLITIQQIIITASIFRIDSSFFI 94
            MVVVFSETGTEDKWRLSSSSFKPQGKKSFSSSSHDWTSWHQFEKSLKSNGPNDQIITQTRNRRGYIKRIFIFLITIQQIIITASIFRIDSSFFI
Sbjct:    1 MVVVFSETGTEDKWRLSSSSFKPQGKKSFSSSSHDWTSWHQFEKSLKSNGPNDQIITQTRNRRGYIKRIFIFLITIQQIIITASIFRIDSSFFI 94          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of EMLSAG00000000211 vs. GO
Analysis Date: 2014-04-02 (Blast vs. GO)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000000211 vs. C. finmarchicus
Analysis Date: 2014-05-09 (TblastN vs C. finmarchicus TSA)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|592852355|gb|GAXK01105189.1|8.135e+033.33TSA: Calanus finmarchicus comp5861857_c0_seq1 tran... [more]
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BLAST of EMLSAG00000000211 vs. L. salmonis peptides
Analysis Date: 2014-05-10 (Blastp vs. self)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
EMLSAP000000002111.503e-62100.00pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s102:52127... [more]
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BLAST of EMLSAG00000000211 vs. SwissProt
Analysis Date: 2017-02-10 (Blastp vs. SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000000211 vs. Select Arthropod Genomes
Analysis Date: 2017-02-20 (Blastp vs. Selected Arthropods)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000000211 vs. nr
Analysis Date: 2017-02-20 (Blastp vs. NR (2/2017))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000000211 vs. Tigriopus kingsejongenis genes
Analysis Date: 2018-04-18 (Blastp vs. Tigriopus kingsejongensis proteins)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
LSalAtl2s102supercontigLSalAtl2s102:521272..549412 -
Analyses
This gene is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
ensembl2013-09-26 .965016
Blast vs. GO2014-04-02
TblastN vs C. finmarchicus TSA2014-05-09
Blastp vs. self2014-05-10
Blastp vs. SwissProt2017-02-10
Blastp vs. Selected Arthropods2017-02-20
Blastp vs. NR (2/2017)2017-02-20
Blastp vs. Tigriopus kingsejongensis proteins2018-04-18
Properties
Property NameValue
Logic nameensemblgenomes
Descriptionmaker-LSalAtl2s102-snap-gene-5.9
Biotypeprotein_coding
EvidenceIEA
NoteHypothetical protein
Cross References
External references for this gene
DatabaseAccession
Ensembl Metazoa (gene)EMLSAG00000000211 (primary cross-reference)
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameSpeciesType
EMLSAT00000000211EMLSAT00000000211-696058Lepeophtheirus salmonismRNA


Sequences
The following sequences are available for this feature:

gene from alignment at LSalAtl2s102:521272..549412-

Legend: mRNA
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>EMLSAG00000000211-682977 ID=EMLSAG00000000211-682977|Name=EMLSAG00000000211|organism=Lepeophtheirus salmonis|type=gene|length=28141bp|location=Sequence derived from alignment at LSalAtl2s102:521272..549412- (Lepeophtheirus salmonis)
ATGGTTGTTGTTTTTTCTGAAACTGGAACCGAGGAGTTACAAATATCTGC AGTTGACTATATTAAAATTGACGAAGGATTCTTTCTACTTATGTAAGGTT TTATTTCATTTCTAGCAAGTTTCTATATCTGTGATCCAGCACTTTTGTGG AATAACGACCAAATTATTACTGCAATAGCTACAAATCTTTGACAGCTGTA AGTACACTCTATTCAAAGAGGGGACTCAGTCACTAAATATACAATTTTGA TATAATATTTTTTATTTTCCATCTTTATTAATTATCTTCTGAAGGTCAAC AAGTATTATGTTTCATTATTAAACTCTTGTTATTTTATGAAAATAAAGTT ATTTATTGTTCATTTAAGAGTCATGTAAATGAAGTGAGTCAATTAAGTAT TGTACTTTAGAGGGCAAATTAGGTCCCAAAAATAGAATAATAAATAAATT TGTGATATCATATTCAATTACTTAAAGTTGAAAAAGATTATTAAGTTTAT ACTTCGTTTATCCCTAATACTTTTCTATATATTAATATTTACAATATTTA TTAGTTAATTTAAAATATAATTTTTTGACTAAAGTAAATGGCGTTTGAAC TAAAACGATTGATAGCATCATTGATCAATAATCACAACTACCCCAAACTT TTCAAATTGACGGAGTAAGTTGGGTCAAAAAGTTCCCAATACTAAAATTA AAGTTTATCGGTCCTTAATATAAAACTTAAAATTATTGGTTATTCTTTTT TGAAAAACGTTCAAAATTTTGAAACGCCTAGATGAAGCATCATTTTTACT AATATTTTAGTAAAATACTTTAGTTTACCATTAAAATAATTATTTTAGTA AAACCTTAAGTATCTACAATCACGAAAATAATTTGTCATTATTCTTTATT AAGACTTAATTAAAGTATATATTATAGTTATAAAAACAGATGAGGATTGA TTTATGGTGACACTGCAGAATGATATAATACATGGATTGAAAAGTCATGG ATGGTGCTATTATCTTTTTTAAATCAACTTATTTTTAGTTAGTATTCACC TACAGGGAGCGGGGATCAAATTGTCGCCAAAATATTTTTCTACAAAAAAA CAACACAAAATATACATTTTTTAACTTTTTTATTGAAAATCAAGACTATG ACGAGCATATAGGTATAGAGTAGCCATTCATTCAATATAATCACCGTTGG CATCAATAACAGCCTTTGAACCGGCCGCAGGCTCTTCTGACCATTTCATT GTCCATGTTGCCGAATACCACCTTGATGGAGTCCATCAGGCTGGCCTTGG TGCTATGGGGATGTCTGTTGGTATGTCTCTCGACATAGCCCCAGACAAAA TAGTCCAAAGGATTAAGGTCGGGAGAGTTAGGAGGCCACAAATCCTTGGT CACGACGTCATAACAGTTCTCGGTTAACCACTGCATGGATATTTTGGACA CATGGCAGGGGGCTGAGTCCTGTTSCCACACCCAGCCTATCTCCGGCCAC CCCTTGGCCTTCATGGACCTGGTAGGTTCATCCTCAACCATCTTCTTCAC CTTGCCGACAAAGTTGGTGTCCCTGACCTNNNNNNNCTTCATGGACCTGG TAGGTTCATCCTCAACCATCTTCTTCACCTTGCCGACAAAGTTGGTGTCC CTGACCTTCCTGTTGGCGCCCTCTTCCTTGGGCGCCCTCTTTATGGTGGC ATCAACATCCCAGGTGTCCTCTAGCTTCTTACAGATACGCTGAACAGTCC GTAAATTCACTCCTAAGGTTGAAGCAATCGTTGAATTGGAGATTTCACCT CCATTATTAACCAATGCCATGACTACGGCGGRCCTCSAAAGCTCCYCGTT CCACTTATAGCTCTTTATCTCCTCATATGATGCTMACTGAACTACGTATC GTCAGCTGACTAGAATAGCTTTCCTATTTGGTAACCGGTTTTTTATTTGA TAATGTCGTCTTCAAGTTATCAAGGTTTAAAGTAGGCGACAATGTGATCC CCGCTCCCTGTATAAAAGAAGCTATCAAAATTTCATGACAATCTGTACGT TAGTTTGTGAGTTATTGTGCTAAATGTGGTGATACAATTGATATTTCTAC AACAATGGATTAAATACAATTTAGTGTTTTCATTTTATGCTACTTCTTGA TGGGAAAAAATACCATTTAAGCTAAGCAATGGTTTGAAAAGTGTTATTGG GATTCCTCCCCATAAAGCGAACAAAAATACAATAATGCAATTTTGAACGA AAAAAACGTGTTTTCTTTGCTAAGGGCATGTGTTATATAATGACGTCATT TCACACAGATTATTTAATGGAACGGTTCTTAGCGTGCTTAAATGAAAGAG GGAAATCAATTAAAACAATCTTGTAATGAATGTTGTTTGGAATTAAAGTA CATTTTTATGGTTTATCCATTTATTTTATGTTATCAGAATAATAATTAAA AATAATAGTTTTTCAATTCCTAAAGGCATTCACTATACAATTGTGTTAAT TCCATTATCTCTTATATTTCATAAATAATCTATTTATAGTCAGAAATTAA TTGTTATAAAATATTTAAAAATGACCCTCATTCMCTTTTAATACTGGTAT GTATCCTAAACTGGAGATATTTAGCATTCATAAATATCNATAGGTATATA TTTTTAATATTATTTAATTCTTGATAAATAGTTTTAATCGGTACAATACA ATTATATTTTAATTAATACGAACGATACATTCAAAAATCAATCACTTGCA TAATTATTATGAAAGCACTTTATATAATTATTTTAATTTCTTTTTCTCTA CATTTTCGATTATCTTTTTATTTAGGTTTATCTTCGTCAAGTTTTAAGCC TCAAGGTAAAAAGTCCTTTTCTTCTTCATCGCATGATTGGACTTCATGGC ATCAATTTGAAAAGAGCTTAAAGTCAAATGGACCAAATGATCAAATCATT ACGCAAACGCGTAACCGACGTGGTGATTCCTTATTTATTAGTACAAATAA CMCCTCCATCATCACACAAATTGGATCCACAGCTATTTTTCACTGTATAC TTAATCGAGATGTTGCAAATACACTTCAAGGACCGGTGAGTTTTTGTTTC TTTTTAATAAATTATTATTAATATAGAATAATAGTAAATTTGTTTTTTAA ATGAGTAGAGTATAAGAATATATATATTCAGAAAATCAAGATATCAATAT TTTCCTCAAAATTAAGTTTAAATTTTACTTCTATTCTTTGACAAATAATC AACGTCAATTTCTATCGACACATTATTCCCATTAATACTTTCCAAAAGCC CAAAGTTACACTTAAAGTAGAAAAAATTCATCTTCACAATGAAACTGATA GATTTTGAAATTTGAATTCAAAGTCTATAATTTACCTGAGGTGTCCATTA AATATGATGTAAAAAAGTTAATATAAAATTTCGTCTTTTCTTGATTTTTT ACTAAAGTGTTTTTGTTTTAACTCAATTCATATATTCAAAGAGTTGATAA GAAGAGGCAAAATATATGTCTATTTTTTTAGAGGTAGGGAAAAAGACTTA CTGTGTTTAATGATACGGAAAGAGAAGTTCATTGAGATAAGAGAATTACA AGGAAATGACGAAATATAAAAGTAACATATTTACAAGGTAAAGACTCAAA AATTAGAAAATTTTAAAAGCCTTTTCACTTCGACATATTTTTATTTTGTG TCCTTTTTATGGAAAACTTTTGAAGCAAAAGTTGGTAGTTCTACAATTTT CCACACTTTTTACGCAATATGTTCCCCTCTATTCTGAATTATGGCCTCAA 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CTATGAAAAAGCATTCTATTAACTCAAATAACCATATGATATATTTTCGA TACCTAACTATTAGTAACTTAATAATTTATTTCAAATAAAAATGTCTCAA AAGGATGAGACACATTGATTTTTTTTCAAAATAACAGCCATATTTGCAAG ACTAAGTACTAAGCTATCGTAATAAAAAATAAGTAAACAAACTACTAACA AACAAAAGGTAGCACCACTATACTCGTGTATAAAAACAAACTAAACTGCG TTTCAATAAAATGTATTGGGAAAAAATTATATATTAGATCCTAGTATCAT CGGCTACAGACCTCAAAGACCAAGAATAGGATCATCAGTAGCTACTAACA GATTTTAGTCTCGATTAAAGTTTAGGCCTGATAGATTCTTGTAAATAGAG TAACATCAAACAATTTAATTTTAAATCTGTCAATAATAATAAATCTAGTT ATTTTCGGAGGAAAGGTTGCAAAATAAAATAATATAAAATTTCTCATATA TTACTAATCATAATATTACTATAGTAATAATGAACCCGAAATTGCTGAAC GATTTAATTAAATAACGACATTTACTCTGTCTTTACTCATCATACTATTT TTTAAATTGTATTATAACAAAAGAAGAAGATATACCGAGGCAGTTAGAGG GAAAGTAGAAAACCTATTATTTTTAGCTTAATATATATATATATACAAAG GTCATTTTTGTCCTTAAGACAAAAAGAAATTCTGCTCCTTCCTTCCATTT ATATATCTTCTACAAAAACTCAATATATTTTTCATATTCAAATTCTTAAC ATATTTTAGTACAAATTCAAATTAAAACAGACTAAAGGACTGCGCTTTTT CCTCAAACAGCAAAATAAAAAGTATTGTTTCTACCTAGTTAAGCATCACA GTGTAATTTTTTTGAGAGTATCATGGATATTAATGAATACTAAAAATTTT 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TATATAGAAATCATTGAAATTATGCCCGCTTACAAATTCCAAAATATATC AAAATGAGGCAGAAATAGTCAGAAAAGTGTCCTTGCACAAGTTTTTTTGT TTACACACAACTTCGAATTTGAAAAAGATGGTTATTTGAAGTTGTTCCAT GCTAAGATATAGTAGGTTGGTGAAAAAGTAATTTCGTATTTTTTGCTTTA ATTTCAATTTCAAGAACTATCACAATCATCCAATTTAATCCAAGTATGCC CTATTTTGTTCAATAACATGTTGAGAATCAAGGAGAATCCAACTTCATAA TGCCCTTCTTGTGGAAGCCATTGTCCCTATTGGCAAAAAAATCGGACAAC TAATTTTTACAGACCTCTATTTATGCTAAATTTGTACCCCCAAGCTCGTT GGTAACAGACAGGAACATATAGTAGTCACTTGTTGCTAGTTCTGGACTGT AGGGTGGATGCACGAGAACCTATAATGCGAGCTCCTTGAGCTTTTGGTGC TTCATCAAAGATGTGTGCCGCCTGGGTTTGTCTTGTTTAACCCAATTCCT CTTCGAGTTTTTTTGTTTTTTTGTGTATCCAGCCTTCTTCAAATGGTTGA AAATGGTTTTATGATTAATATTCAGCTTCTAAGCGAAGCTACCACTTCTA ACATAACGGTCTATCTCGATATTTTTCATGATTTTATTGACATTTTCGAC GACAAGCCTGCCAGTACGTAGTGCATAATTCCCCTCCACTAAATCAGAAC GAAATTGTTTGCACCACTGTTGTGCAACACGAACCGAAAGTGTATTGGTC CCGTATACATTGCAAATTTTCTTGATCTTTTTCAACGAGCTTTTCCCAAG TAGTAAAATGTAAAATATGGCGAATTTCTTCGTTTGAGACATCCATACTC GACGTCATCAGTGGGCCAATTTTATTAAAATATAAGGAACCGGTTTCAAT 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