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Associated RNAi Experiments
Homology
BLAST of EMLSAG00000001378 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592876946|gb|GAXK01080761.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp6421278_c0_seq1 transcribed RNA sequence) HSP 1 Score: 29.6462 bits (65), Expect = 2.343e+0 Identity = 12/31 (38.71%), Postives = 19/31 (61.29%), Query Frame = 0
Query: 5 DNFKDVSFLILTSKQNSKLCVVFKRLGRLMY 35
NF FLILT K ++C +F++L +M+
Sbjct: 214 HNFSAEGFLILTLKLTCRICPIFRKLVWIMW 306
BLAST of EMLSAG00000001378 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592908498|gb|GAXK01049877.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp31946_c0_seq1 transcribed RNA sequence) HSP 1 Score: 28.4906 bits (62), Expect = 9.180e+0 Identity = 17/54 (31.48%), Postives = 29/54 (53.70%), Query Frame = 0
Query: 82 PDNLYQSSIKNLNLTASMSLGKISLENTSVLENLAQTDQLRRAPSSPCLNFPLT 135
P L +I +L++ ++ +L SL + SVL + T L R+P+ C + P T
Sbjct: 2104 PGWLMHCTIFHLSIVSTHTLMNASLASASVLLRVLSTAILARSPTMQCWSAPCT 2265
BLAST of EMLSAG00000001378 vs. L. salmonis peptides
Match: EMLSAP00000001378 (pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s1230:54591:63974:-1 gene:EMLSAG00000001378 transcript:EMLSAT00000001378 description:"snap_masked-LSalAtl2s1230-processed-gene-0.21") HSP 1 Score: 280.026 bits (715), Expect = 1.240e-97 Identity = 138/138 (100.00%), Postives = 138/138 (100.00%), Query Frame = 0
Query: 1 MKEIDNFKDVSFLILTSKQNSKLCVVFKRLGRLMYIAPKKKGGDLDDEDLAFKQKQCEQEKALKEAAVKADIRTSSSESTEPDNLYQSSIKNLNLTASMSLGKISLENTSVLENLAQTDQLRRAPSSPCLNFPLTRFP 138
MKEIDNFKDVSFLILTSKQNSKLCVVFKRLGRLMYIAPKKKGGDLDDEDLAFKQKQCEQEKALKEAAVKADIRTSSSESTEPDNLYQSSIKNLNLTASMSLGKISLENTSVLENLAQTDQLRRAPSSPCLNFPLTRFP
Sbjct: 1 MKEIDNFKDVSFLILTSKQNSKLCVVFKRLGRLMYIAPKKKGGDLDDEDLAFKQKQCEQEKALKEAAVKADIRTSSSESTEPDNLYQSSIKNLNLTASMSLGKISLENTSVLENLAQTDQLRRAPSSPCLNFPLTRFP 138
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of EMLSAG00000001378 vs. GO
Analysis Date: 2014-04-02 ( Blast vs. GO)
Total hits: 0
Match Name | E-value | Identity | Description | |
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BLAST of EMLSAG00000001378 vs. L. salmonis peptides
Analysis Date: 2014-05-10 ( Blastp vs. self)
Total hits: 1
Match Name | E-value | Identity | Description | |
EMLSAP00000001378 | 1.240e-97 | 100.00 | pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s1230:5459... | [more] |
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Alignments
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
LSalAtl2s1230 | supercontig | LSalAtl2s1230:54591..63974 - |
Analyses
This gene is derived from or has results from the following analyses
Properties
Property Name | Value |
Logic name | ensemblgenomes |
Description | snap_masked-LSalAtl2s1230-processed-gene-0.21 |
Biotype | protein_coding |
Evidence | IEA |
Note | Hypothetical protein |
Cross References
External references for this gene
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
gene from alignment at LSalAtl2s1230:54591..63974- Legend: mRNA Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >EMLSAG00000001378-684144 ID=EMLSAG00000001378-684144|Name=EMLSAG00000001378|organism=Lepeophtheirus salmonis|type=gene|length=9384bp|location=Sequence derived from alignment at LSalAtl2s1230:54591..63974- (Lepeophtheirus salmonis) ATGAAAGAAATAGATAATTTTAAAGATGTTTCATTCCTCATTTTAACATC
AAAACAGGTACANTGATGTTAACTGAAGTCCATTCACTTACATATTTTCT
ATTGATTGAGGATTTTATGGTGGTACTATTTCTAGTGCTATCGATCGATA
TGCGCCTATTAAATCAAAGAGATATATCCATGAATGTAGGTCTGCAAGGA
CCTAGGATTGTACCCAGGATTGCTCAGAGTTATTTGTTAAACTATAACAC
AAATTTTTGGAAGCCATATTCATTGTATAGTCACATTGAAAAAATTCACT
TTTTTTATATCTATTAATAATTAACTTAAACATTTATCTAATGATTAAAA
TTATTTTTAAGAAAATACTAATTGAATTTAGTATAAATTTATTAAAAACT
GCAAACACAAATACTACAGTGCTTATTTTTAAACATTATTTTTGGTTAGT
TCTGTCTTGCGTTAAGACATATAAACCCTTTTTACTATCAACAAAACATC
CAACATATAGCTTGCAATTATTTAAAAAAATAAGAAAAAAATATTCTTAA
TATTATCCTTATTTTAAATATGACGCACTGAGTGTCACACACACTTGTTG
CTACATTGTTTTTTATATAAAATAGTCACGCAGTTCGGTGATATTAAGTG
CACACTCAAAAATTAGTCCTCCATAGACAGACAGACAGAACAACGTTGTT
TTAATAATATAGACAACTAATGCAATACAAAATTTGAACTAGGATTAATA
AGGGAAAATAATGAGTATTTTTTTTAAATGAAAACTTTAAAAATTGACTA
TTTGATCACTTTTCTTTTTTAATAAACGAGATTTCATTGATCCGTTTTTT
ATGACTTTCTTTTATTATAAGCCCCATATTTTTGGCTTAGATTAACTACG
TTTCTGCATATTTTTATAGATTCATTTAGAAGGATAAAATATTAAAAAAT
TTATAAACAGAAAACCAAATTTTGATCTCCTTTTAGTCACACCTATGTAG
GTATGTCTGCTCCATATGAATTTTTCGAAGTTGATACGGATATTTTTGGG
AAAAGAATAGGATAATTTGGTAGATGTTTACTCATAATCATCTACAATTA
TGTATAAGCACATGGTTTGTTCAAATGTATGCTAATATCAGCGGGTTTTT
TTAAATATCTATATAAGATGTATAAAAATTTAAAATATCGTATAAATTGC
TTGATTATAATTGCAATTTCTCATATATTTCTTGTTGTTATAAATAGTAT
CAAAATATTGGCTCSCKTAATATGATTATTTTWATTMGATGGNTTGTTTA
TTTTCTGATATAACAAGGGATAGACATTTCGAAGAGCACAATAAGAGACA
TTTGGTACTACTGAATTAGGACTCATCTTATTATCAGCTGCTTGTTGTAT
GCTTTAAATTAGCAATTGTACAGGGTAAATATTGTAAAATTATATTGAAA
CATAAATATTTCAAAAAAGTAAACTACCTAAAGTGGATGGGAATTCATTA
TTTAAAGCAAACTGTTATCAAATGACGGTCTATTATGTTATATATTGAAC
TAAACAGAAAAAAGAACGATAGCAACAACCGTTTTTCCTTTTCTATTTTT
AAAACTGTTATTTTTCTCTTTGTTTTTGGTTTTGAAGGAATTAAATAATT
AACATGTATCTGATTACTGCAAAATAAATAATTTAGTTTATTTTATACCA
ATCTGAAAAAATATTTCAGATTTGGGATGGTTAATTTTGTAAATTAAATT
AATTTGGCAATAAAATCAAATGATTTTATATGTTTATTACAATTTTTTGA
AATAAAAAAAGAAAATATTACAGCTTCACAAAAAAGTTTCCTTTATATAT
GCGACATGTTAATATAAAAGCAAGTTGGGATGAAAAAAGAAGAAATTGAA
AATAAAATGATTTTTCTTTTTCTCACTATTTTCATTCATAAAAAAGAGTG
GTATGATTTGTATACAGACCATTATGTAACCTTATATCACCAAAAATGAG
CTTTTTTATTATCCTTCTCATTTAAAATTTAAGGCCTTAGAAGCTGCACT
TTTTTAATAAAGCCAATCTATTTCTATTTTTAACATTGTAAATTGAAATG
TTGGTAACACGTCATGAAGTATTTACAATTCACGGCTTCCACCCAATGAA
TAATAAAATTTAAAGAAGAATCGATGATTTTACCTTACTGATTGGTTTTC
ACAAAAACAATTCAAACCCACTCAGAGAAATTATTCTCTTAAACTCAATG
TGTGAAAGTTCGATTAACGGTTGCTCATAGAGAAGGATATACTCAGCTAT
ATACAATGTATATGTACTTTAATGACAATTCCTAGGTCCCATGGAGTAAT
TGTAATATTTGAAATGTTTACTTAAAATGCAACGGTGCAACTCCATCTGA
TAAAATTAAAGAAAATTAGATAATATTGCCCAAATAATTATAGATTAATC
TTAAATGGATATTATAATTATATATATTTATAATTATAATTTCAAAGAAT
ATTTCAAGTAATTAAAGCTAAACATTAAACCATGTTGACTATGCATCCTT
AGCACTTTTTAGTGTCCGCGTTTTTTTCTAGTTGGTAATCTGAAGAGTGT
TTTTTCCAAACTCTTTTGATTGTTATTTTAATTATTTAGGAGATAACATC
TAAATATAAAGTAATCACTAGTGTATGTTCTGTTGAAAGGCGGAGAGTAA
CCCTCAGGATTGGTTGTAAGTCCTTTTTGGGCATCTCAGTTGTCCTTGGT
AGATGCGGAATGGAATTTAGATTACCATGTCATTGTTCGGTTTATTGTAT
TTTTACATACAGGCAGGMCATATTTTAAACAAATTTATCTCTCTATATAT
ATATCAGTAGGTACAAAGTACACAAAAGGAGTCTAAAATATGATATTTCA
TATCCATATAAAAACCAGATAACTGTATAAGCCACATTTAAAATCTCTCA
CGATTTGAACCTTTTTATTGGATATATGTAAATGACCCATCCAAAAACTT
TTTTTAGATTTTGAGAACCTTAACATCTATTTCTTTGAGCACTGACTCAT
AAAATAAATGTTCATCACTTCAATGGGTAGATAATATGTATGTGTATAAG
ATGAGGTCAAATAAAGCTATAAAGAAGATAACTTGAGGTTTTTTTAACAC
AAAAATATAAGCACATTCAATGTATGTATGTAAATGGTTGAGTAGGAATG
TGTAAGACTGATATACAATGTATAATATGAACACTTATTATGCTTTGTAA
CTGGTAAGTATGAAATTAAAACATCCGAAGAGCGAAAAAAAGGACCTAAA
GGCATTTCAACCAAATATAATAGAGACATAGTCGCTCTACAAGGATCCTT
TAGAAGCCTGAGTTCTTCATCTTTCTCCCTGTTATATTTAATACGTTATA
TTAGATACATACATGGCTATTATGAGCCTGGAGTAGAAACCATCATATAT
ACAAATAGATTAGGTGAGTTTTATTGACGAAAACAAGGGACATCATTATT
ATCTACTTACTATAAATCATTTTTGTAATTACTGCTGTATCATTATAGTA
TCATTATACACATAAATTACTCTATGTAGACTCATATAAGTAAAAACTTA
AAAATAAATTTGTTATTAATAGAATTCAAAGCTATGTGTTGTATTTAAAA
GACTAGGAAGACTTATGTACATTGTAAGTCTAACACAAAGCAACTAGATG
AGACAAAAATATCTATCAATCCTTGAATTAAAAGTCCTATTTCGTCATCT
GCTACGAGTTTTTCACAATGATGTTCAGGGAAAAATATACCTACAGATTT
AATCAGCCTTGGATTCGTTCAAACTTTTTTGTTTAAACAAAATGACAATC
ATGTGATCAATTTGTGTTCAAATTTAGTTGGCAACGAAAAACTTTTTTCG
GAGCAACATTTAGATACCGAAGATGTCGTCACATAATCATTTTACCTCGT
CACGTATACAATTTTATTGCGGAATTGACCTTGTGAATTCATGGAGGTTG
CGTAATTAGTTATAGAGTAATTCACAATACCCTTGATACTCCTAACAGAC
AAAAAAGTATAATTGTGAACAAAAATTGATCAATTGGTCGTCGTTTCGCC
ACTTGCTTTTATATTTGGTCCTAGGCNATAAATAAAGTAGATTGACTAAG
TGAAGAAAAATGTATTTACAGTTATTTATAGGAGATAAGATGTCCTATTA
CAACGAATTAAATTTCAGAGAAAATAAAGGAAAAGATAAGATCTGTAGGA
AGTTGAATATATAAGTTACTAGCGAGAGGACCAGGCATTGCTCGGAGTTA
TTATGCTTCGACAAACAGACAAACTTTCCTCGAATAATATGGAAGACCAC
TCCAAAAGGAAGCCTCCGTGTTACTCTCCGTTTTTCATGTGCAACCTCAT
ACGTAATTACTCAATACTTGTATGCTCTCTTCTCAAGAATGAAAGAATAA
TAATAACAGCTTCATTTTTTTATATCATGTGTTAAGCCAAAGAGTACTTT
AGTCTCTAGAAGTTAAACTGTTCAATACATATATACTTCCTTTTTTCTAT
TAATATGACGTACACGCTCGATCTATAGTACTTCTTATATCATACACGAC
AACAGCGCCCTCGATTAGAATATATGTAGTTGTCTATGGACTTAGGGTAA
ATATGTCTTTGGAGAACAAAACAAAGGAACAGAGAAATCAAAGCCGTTCA
ATTTTTTTTTTTTTAATTTAATCGTTCAAATTTTTTCCGTAAAAGCGCTC
AAAAAAAAAGAAGGGTGCTTAATTTCTGCTCGATATCCATGATTGGATAT
AATCAAATATATATTTTCATCCTCTCATGAGTTGTTAAAGTAAGTACAGA
CATCCATTGGTAGGATCTATGTAGAGAACAAACAAGAGTATATAACATAG
ATCTTAACTCTTGATATTTTTGATGTATATAAGGGGGAGGGGGAGGAAGC
ACACTCGACGTAGATATCTTCATGCTTGTTTGACCTGGAACTCCTAACTA
AATAGAGCAAATCCAAATAAATACGAACATTATATTAAAAGTATGCTGAG
TCTTGCATTCAATTTGTACATACTTTTTGTAACTAATAATAATATCTTGA
GTGACACATTTGAACATTGTTATTTATGTATATAAATATATTTCATTGTC
AAGGGTGAGTCCATCTCCCAGCTACACGATTATCNTGACCCTTTAATAAT
TATTTATATCTTGTTAAATGAGATTTTTTGCTGTTTTTAAAGCGTGACAA
AAAGATTTCTTTTTGGATGTATGTACAATGTACATAATATGAACGAGTAT
GTTTGAAGTTAACTTCTACAATTACCGTATTACTACTGCTACAATGATGA
CAATAACTCCTAGCTGGATATTAATGTACATATTATGTTAGTAACTGCGT
TTGTGTAAATAAGGAGTGGTCATTAATCTTAATTAGACAGGAGGAACACA
AATACGCAAAGAGGTCCCAATAGCAACAATGTTATCATTTCTAAATTACT
CAACTCTATATGTGCATTACACTGTATCATTTTCGACCAAATATTTTTTT
CCCTTGCACAAAAACTTTATCTGCATAGTACAGGCCATTTTAATTTAAAA
AATGGGGCTTTTCGGTCAAAATTGTCAATATTTAGGCCTCTCATACCGTC
CAAATATATAATTTTATCAGTGAACAATTGTATTTTATATATATTTACCT
ACGGGAGTACCCCGCATTGCTTGGAGTTATTTGAATAATATGGTATGAAC
TAAATAGTAGAATCGAGATAACCACATCTATAGAAGGACTCATTCAGAAT
GGGAAAGTAGTTTCATCAGATTATCTTGATCTTTTTAAGCTAAGTTATCA
TTTTCATTCTTGAAACGTGATTAATTTGTTTCCACTGTTTTGTTCATAGA
ACATGTGCGAATTCTTCTTCTTATGGGTATCAGAATATTTCTTAAATAAT
CTTTGTTTGGTCATTGAAATATTTCAGAATCTTGTAATCAAAAATGTTTT
CCAGATATATTTCCCATTGGATTTTGCTTAATATTCATGTAAAGATGTAA
TTGAAGCTATTAGGAAAATTGCAGGAGGAGGAAAATTACCCGCAGAGGTT
AATTCCCCGAGGCGGAACATATAAAATTTTATCAAAATATAGATTTTGAA
AAATGATATGATTTTATTTCAAAGACGAACAATCGTACATTTATTTCACA
TCTTTCCTTTTGTTTCAATGCCCTCATTGAATAAAATTTTCTGCGTTTCC
AAAAATTTATTTCTCCATAGTTTAGTATTTGGAATCTGTATCCATCATAG
AGAGTTCCTTTTTGTAATTTTAAATTGTTTGGTTTAACATAGGAATCCGT
TCGAAAAACCAACAGTTGTGTAATTTCAAAGAAAACTATGTATTATTTAT
GTTCAAAGCCTCTTTTTTTAATAGTTTTGCTTTTATTTAACAAAAAGCAT
CCTAAAAATACTTAAACACTTCAAAGTTTATGAATTTGTGAATGAAACTA
AATATGAGGTTGTTCTTGTCAAAGGCTAAGATTAATATGAATTTTAACCA
TCTTCCTTTATTTTCAATCAAACACTATTCGAAAAGGTAAATAATAATGC
AATTATTTTAATTTAACATCCACGAAAGTGAAGCATGTCGTTCTGCGAAG
GTGTGACAAGAAAAAACCTCTGAAGGCTCCCAAGAAAAAGGGAGGAGATC
TGGATGATGAGGATTTAGCTTTCAAACAAAAGCAATGTGAACAAGAAAAA
GCACTAAAGGAAGCAGCGGTAAAGGCTGGTAAAAAAGGACCCTTGGTCAG
TGGTGGAATTAAGAAATCTGGAAAGAAATGAGCGTCCCAAATTTGAATTA
TACATTTCCATTTTGTGTCTTGCTTTTGTCTACAGATGTTGATGTGAATA
ACACATAATGTTTTCGAAAATATATTGTTCATAAATCAGAAAAATAAAAA
TAATAATGCAATTAGAAGCTTAATACTGTAAATTAAGCATTTTAATGGTA
AAGGTAAATGAAGCTAATACATTTTGATAAAACTATAATACCATAAGACA
AAATTTCGTTGATTTTAGGCAATTTCAAGAATTTCAATATGCTTAATTAT
AAGTAACTTTCTAAATTCAAAACTAACTAAAAATGATGATTTTTGGTAAC
AATATTTCGCCTTGGTCAATTTTCCTTGGGGCAATTCTTTTCCTGGGGTA
ATATTCCTGGTACCATAATTCACATCTAATAAGTTCCGGTATATAATGTA
TGTAAGTACTCATTTTATATATTTCTAACTCTATTAATAAAATATAAGTC
CTTCTTTAAGTCTCGTCTTATAACATCTTTAAACTTATGATCGATCGCTT
GAATGTGAAATGGAAGGTTCCATTTTAACTTTGATTTTTAATAAATAATC
TCAGAGCTCTACTTTATTTCTTTAATAACAAACAGAATGTACCTTATGTT
GCTTAGTACTTTTGGATGAAACAGTAAAGTCTTGTTGTGGAAGTCTTCAG
ATTATAATATATATGTATATATAGACTATGACTATGAGTGATTGCGTGTT
TTGTACAATACATCAGATTGAAAATTCTAGCAAGTCCGATTACATGATGG
TCTAACCTCATATTTCTAATAACCTTGGTATATTTMATAGATARAGATAA
AAAAATATCCAGAGTAATGATCTGAAGAAGAAGTTGAAGCCGTTGTAGTT
GATCAAAACATTCAAATTGTAGAGGTAATGAATATGTATATATGTGTAAC
ATAGAGGGCACTTCAAATATTTTTATGTTGGATTCTCACTGTATTTTACG
ACATATTACACTTTTCTTTATTATAACTCTTAATTTTTTCTAGAAGCATA
GGATGATTCCATAGAAGATCTGCAGATATTAATTGAACTATATTTTTCAT
TGTTTTAGTCAGCTAACTTTCGGCTTTAAAAAAAAATCCCTTGCTTTTGC
TCAGGGTAAAGAATCTACGTATTTTATCTCTATGGTCGATACACACTCTG
ATTCCATAAGGTGAACAATTTTGTCTATTATTAACCAACAAATAAATAAG
CTAMATTATWCAAGTTATWCGTAYATAAATGCCATATATTTAGACTAAAT
TGCCAACTAAAATTTGAGTTATTTTCAGAGCNACAAACAATTCCCTACAA
TACTTAAGACCCCCTCTATATTTTTTTTTTAAATGTACTCCCCTTTTCTT
TTACTAATTTTGCTTTATTTATAAATATTAGTATTTGGTTTATAAATAAA
ATATTGCGCATCTTCCCTCGGGTCTAAGATGTACTCAATGATTTGTGGTT
TCCCCCTTTTATTAAAGATAACATTCGGTGAACCTTTTTTTCTACAAATA
GTAATGCCTCGAACGAGATTTGTATCTTTAGATTGAAAGGATCGTCAAAA
TTTCCCTTTTTAAATACAACTGTATTTGTCTCTGAAAGAGTTGAGCGAAA
AAAAACACTAATTTCACAATTTCGATTTGTCCGTTATTTTTTGAAAGCCC
CTGACCGACAAGTTAGTCATATTTTATAGGTCTCTGATTCATAACCTTTT
TCCTTAAGTGGAATTTAGCGGTAATATCTCGGATCTTCCTCATTTTCTCC
TCAGAAAGGTTGATATCCATGGACAAATAGTCCCATGACAAAACCAGACA
GATATATTGATTTCTTAAAAACTAATAACTTTTATTCCAATTGACCTTTA
AGACCAATAATTTTGTCTTACATAAATACTATACAAAAAGGAGAACGAGT
GATTTAGAACAACAGCGGCCTTCAAAATTAGGTAATCTAAATAGATRCTA
CAACTTATCTTAAGTTGTGACCTATATATGAAACCACAGGTTTCAAAAGG
ATAGCAAAAATTATCGATGTCAACACTAAACATAAAGCATTAAATTGGTA
AATATTATCTTTTCATCGAAATCTGAAAAAACGCCCATGTTCAATAAATG
TTTTAGAGGAATGATTTAAATGATTAAAAGAGGAATAAATCAAGGAAGGG
TATTTGAGATCACAAGTTTATTGAAATAATAATGAATGATTTTAATTGTA
TATTCTATAGCTCCCTCATCCTCTTTGTTGGAGGAGGTTCAGGGCGTTCT
CCTCATGCATTGTGCAGAGTAAAACACATTCCCCCCCAGCTAAAGGACTC
ACTAAAATTATCCCATTCCTCTGATTAGACATTAGAACATCCAGTTCTGA
GTCCACCGAGCCAGATAACTTGTATCAATCGTCCATCAAGAACTTGAACT
TGACAGCTTCAATGTCTCTGGGAAAAATTTCTCTCGAAAATACAAGTGTA
TTAGAAAATTTAGCACAAACAGATCAACTCCGAAGGGCACCTTCCTCTCC
ATGCCTGAATTTCCCTCTCACAAGATTTCCCTAA back to top
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