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Associated RNAi Experiments
Homology
BLAST of EMLSAG00000001606 vs. L. salmonis peptides
Match: EMLSAP00000001606 (pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s127:52220:62234:-1 gene:EMLSAG00000001606 transcript:EMLSAT00000001606 description:"maker-LSalAtl2s127-snap-gene-0.17") HSP 1 Score: 160.999 bits (406), Expect = 1.850e-52 Identity = 83/83 (100.00%), Postives = 83/83 (100.00%), Query Frame = 0
Query: 1 MDCKNIEGFDVKCRVTEMIALAIICVTQHLAKEGNSKSSKSISSSLLVNSGVDLREESEGISGKSGKGIFLSSSSKSNSLDEG 83
MDCKNIEGFDVKCRVTEMIALAIICVTQHLAKEGNSKSSKSISSSLLVNSGVDLREESEGISGKSGKGIFLSSSSKSNSLDEG
Sbjct: 1 MDCKNIEGFDVKCRVTEMIALAIICVTQHLAKEGNSKSSKSISSSLLVNSGVDLREESEGISGKSGKGIFLSSSSKSNSLDEG 83
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of EMLSAG00000001606 vs. GO
Analysis Date: 2014-04-02 ( Blast vs. GO)
Total hits: 0
| Match Name | E-value | Identity | Description | |
|---|
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BLAST of EMLSAG00000001606 vs. L. salmonis peptides
Analysis Date: 2014-05-10 ( Blastp vs. self)
Total hits: 1
| Match Name | E-value | Identity | Description | |
|---|
| EMLSAP00000001606 | 1.850e-52 | 100.00 | pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s127:52220... | [more] |
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Alignments
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| LSalAtl2s127 | supercontig | LSalAtl2s127:52220..62234 - |
Analyses
This gene is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Logic name | ensemblgenomes |
| Description | maker-LSalAtl2s127-snap-gene-0.17 |
| Biotype | protein_coding |
| Evidence | IEA |
| Note | Hypothetical protein |
Cross References
External references for this gene
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
gene from alignment at LSalAtl2s127:52220..62234- Legend: mRNA Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >EMLSAG00000001606-684372 ID=EMLSAG00000001606-684372|Name=EMLSAG00000001606|organism=Lepeophtheirus salmonis|type=gene|length=10015bp|location=Sequence derived from alignment at LSalAtl2s127:52220..62234- (Lepeophtheirus salmonis)
ATGGATTGTAAAAATATTGAAGGCTTTGATGTTAAATGTCGAGTTACAGA
AATGATTGCGCTTGCAATCATTTGTGTAACTCAACATTTAGCAAAAGAGG
GGAACTCCAAGTTATTGAAAGGATGGCCCCGAGCTGTCACAAAGATTTCC
CAAATTAATTAATAATTTCATTGTTTCCTGAGATGACATTTTTATATTCC
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TAATTTTAAGTGCAGCCCACTACTCATTATCACTTCAAGCAGTATTTTTA
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ACAAACATTATATAATATTTTACGTCATCTTTATTTTTTGGAGGAGAGAG
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GGGGGGGGGGGGGGGTCTGGAAGGGAATTAATGAGAAAAAATTGGGAACT
TCATTTTATGCGTTAGAKCAAAATATTATTTTTTTCAAATAATTCAAAAA
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AGGGTAACCAGATTAGTTACTTTTTTGAAGCATTTTGACCTTGAAAAATT
GGATTTGAACTTTTTTTATATTTGTCCTAAATTTTAAATAAATATATATC
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AAAAGTCTGGGGATCCCTTGATCATATGATATATCAAAATATTTTTGGAG
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AGATGTGCCCATTTAATATACACATACATATGCAAATATCCCTCTATTTC
TTGTTTTTATTATATATCTATCCCAAAAAAGTATTAAAAATACGAATTTA
AATCCTTATATATTTTAAAAATTAACTGTTACTGTTAACTGGAAAGAATA
AGACATTTTCCTCTAACTATCCTACTTTTCTTGTCCGTAATCAATCAACA
ACATAAAAAAAACTAGCAATCTAGCCATTTTTAAGGGTTTTTATTACATA
CTACTTTAATTTAATTCAAATATCAATGCCATCAAGTTGTCATTATTGCA
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AATGTCATGGCAGAGAGATTGAAGGCTTGATACATCAACACTTCTTTGTG
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TGTGGCCGCCATACAGTCCAAATGTCAATCCGCTCGACTTGACTTTCTGG
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ACGTTAAAATAGTTTGTTAATTCTGTTTTTAGACTGGGAACCGTTGTCGT
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AAGACACAAAAATCTAAAAGCTATTGACAAAATATTAAATTTGTTAGAAA
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TTTGACGTGGCGGCAAACATATTGGCAGGTCTTCACGATAAAGCCCGTGT
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TGTAGGCAGTTCGGATGGAAATGCCAAGGGTCTCTGCACGACTAGCACCC
TTTTTGTTTGCTCCTAAATTTTGACACTTTTAGATATGGGATAAAAACAA
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ATTGCTAAATATTTTGTTAAATTCTGAATATCATTAAAGACTCGATCGTG
AATTTAGTGTAAAATCAACCAAATTTAAGGGGATGCTTATAATTTGCTAC
TAATTTTAGAGTTAATCTTATAAAAAATTCGCAAAGTGCACAAATATGAT
AATAGCAACAATAACAACATATATTTTAATAATATATCAACCCTTCCTGA
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TGTTAGTTCAAAGCGTTCCGTTATTACTAGACGTAGGATTTTTGGGCTGT
TTTTTAGCCAAATGAGCAGAAAAAGAGCGCTAAAATTTGAAAAATGAGTA
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GAAAAACTTATTTCACTCAATATGGTCACATCCTATGCACGTCGCCTGAA
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GCTTCCCTCTCTAAAGTTATCCATATAGAAAAATTCAGTGGGTGCAAAAC
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ACATGCATATTATATACAAAATAATTCTGCTAAACAAAGAAAAAAAATAT
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TCTGACACGACGTTCTTGTGGAATATACTAATCCATCTCTGAGATACGAA
CAAAAGTATTAAATGTAACAAAAAACTACTTGCACACTGTATATTCCGAA
TGAAAATATAACTCTTAAACAAAAATGAAATAATAGGCAAAGGACGAGTC
CTTTAAGTATCAAGTATGAAAATATTAGTATAATTTATTTTCTTTTTTTC
AACTCTTCAAATCTTCTTGTCAGGTCATCCAAATCAATTTCATCTTCCTT
ATTAGTTAATTCTGGAGTCGACTTACGAGAAGAATCGGAGGGGATATCAG
GCAAATCAGGAAAAGGCATCTTTTTATCATCATCGTCAAAATCAAATTCT
TTGGATGAGGGATAA back to top
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