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Associated RNAi Experiments
Homology
BLAST of EMLSAG00000000653 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592912960|gb|GAXK01045415.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp416596_c1_seq2 transcribed RNA sequence) HSP 1 Score: 30.0314 bits (66), Expect = 4.003e+0 Identity = 23/82 (28.05%), Postives = 37/82 (45.12%), Query Frame = 0
Query: 70 KFCKLEDSPHGDRGDYESRVTPGLLVSWSPIDGLSVGDSRFGILVSAVYTLRFLEPLQVRDSGEYSCYVNSQLLETFLVKVQ 151
K K P S V+ L + S I+GL+V + F +V+ + L FLE + +R + Y L+ FL+ +Q
Sbjct: 181 KLLK*TRFPSTKLKKNVSFVS*TLPLHVS*INGLNVRECIFYYMVNPFFVLVFLETVSMRSNFIYLVTSEIHLINLFLISLQ 426
BLAST of EMLSAG00000000653 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592912961|gb|GAXK01045414.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp416596_c1_seq1 transcribed RNA sequence) HSP 1 Score: 30.0314 bits (66), Expect = 4.009e+0 Identity = 23/82 (28.05%), Postives = 37/82 (45.12%), Query Frame = 0
Query: 70 KFCKLEDSPHGDRGDYESRVTPGLLVSWSPIDGLSVGDSRFGILVSAVYTLRFLEPLQVRDSGEYSCYVNSQLLETFLVKVQ 151
K K P S V+ L + S I+GL+V + F +V+ + L FLE + +R + Y L+ FL+ +Q
Sbjct: 181 KLLK*TRFPSTKLKKNVSFVS*TLPLHVS*INGLNVRECIFYYMVNPFFVLVFLETVSMRSNFIYLVTSEIHLINLFLISLQ 426
BLAST of EMLSAG00000000653 vs. L. salmonis peptides
Match: EMLSAP00000000653 (pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s1101:26658:99231:1 gene:EMLSAG00000000653 transcript:EMLSAT00000000653 description:"maker-LSalAtl2s1101-augustus-gene-0.3") HSP 1 Score: 314.694 bits (805), Expect = 9.033e-111 Identity = 154/154 (100.00%), Postives = 154/154 (100.00%), Query Frame = 0
Query: 1 MNLCYFYVLFFIILGNWSMLVSTFKYDNGHSPGKSSIQTIIVDSGIYDFNLSASEVLLNQNTRLKLIEWKFCKLEDSPHGDRGDYESRVTPGLLVSWSPIDGLSVGDSRFGILVSAVYTLRFLEPLQVRDSGEYSCYVNSQLLETFLVKVQVSG 154
MNLCYFYVLFFIILGNWSMLVSTFKYDNGHSPGKSSIQTIIVDSGIYDFNLSASEVLLNQNTRLKLIEWKFCKLEDSPHGDRGDYESRVTPGLLVSWSPIDGLSVGDSRFGILVSAVYTLRFLEPLQVRDSGEYSCYVNSQLLETFLVKVQVSG
Sbjct: 1 MNLCYFYVLFFIILGNWSMLVSTFKYDNGHSPGKSSIQTIIVDSGIYDFNLSASEVLLNQNTRLKLIEWKFCKLEDSPHGDRGDYESRVTPGLLVSWSPIDGLSVGDSRFGILVSAVYTLRFLEPLQVRDSGEYSCYVNSQLLETFLVKVQVSG 154
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of EMLSAG00000000653 vs. GO
Analysis Date: 2014-04-02 ( Blast vs. GO)
Total hits: 0
Match Name | E-value | Identity | Description | |
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BLAST of EMLSAG00000000653 vs. L. salmonis peptides
Analysis Date: 2014-05-10 ( Blastp vs. self)
Total hits: 1
Match Name | E-value | Identity | Description | |
EMLSAP00000000653 | 9.033e-111 | 100.00 | pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s1101:2665... | [more] |
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Alignments
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
LSalAtl2s1101 | supercontig | LSalAtl2s1101:26658..99231 + |
Analyses
This gene is derived from or has results from the following analyses
Properties
Property Name | Value |
Logic name | ensemblgenomes |
Description | maker-LSalAtl2s1101-augustus-gene-0.3 |
Biotype | protein_coding |
Evidence | IEA |
Note | Hypothetical protein |
Cross References
External references for this gene
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
gene from alignment at LSalAtl2s1101:26658..99231+ Legend: mRNA Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >EMLSAG00000000653-683419 ID=EMLSAG00000000653-683419|Name=EMLSAG00000000653|organism=Lepeophtheirus salmonis|type=gene|length=72574bp|location=Sequence derived from alignment at LSalAtl2s1101:26658..99231+ (Lepeophtheirus salmonis) CGAGCCGCGCGCCTAACCCTTTTTACATCTTCTCCTCAATTATTTTTTAA
TTTATAGTTATATAAAACATTCTTAGCAATGATAGTCCTACATTCTTGTT
CTCCCAGTTTTTAATGAATATTAGACGCATTTCCTTAGTCTTTGCGAATA
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TGGACATATTATATAAAACAAACAAAGTAATATGACAAATATAGTTTTGA
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TCAAATAACTCAAAGAAATTCCGAGATCTCATTGTAAAAAAAAAATAATA
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CAGTTTTTTAAAGACATTCAAGCCTTTTGAAATTGTTTCAATGATGCTAA
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CTCCACATGATGAAACTCTCCACCTCCTATCATGATNCTGAAAGTAACTT
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CCTATCATGATCCACCAATGTATTGATTATCGGAATATCCTGTAAAAGTG
GGTATCCCTCTTCTCCTTCTTCGATTCACTGTATTTCTCTTAGCGAAGTT
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TATTTATGAAAATATCCTATCGGTCTATTTTTTTATAGCTGTGAAACAAA
AATTTATAGAAGGGAAAATATTTTTAATGAATATCTTGATTTGTTCAAAG
TTTACAAGCAAATGAACAAAAATGGTATGCCCAATTCTTGTTCAAAGAAA
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TTTTTAAAATTATTTTCAAAAAAAATTTACACAAAATATAGTTTTGTGAG
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ATTAGTTTCATATTAATGTTCGTCTATTGTATGATGGAAGATATCTAAAA
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TGCATTTTCTTTTGCACTTAAATTTACAGAAATATGTCACATTTTTGAAA
AAGGAAATTTTAAGTGTGTTTGATATATATGCATAAAACTATTTATTGTA
TCCAGGGGCGTTCACAGGGAGTGGGATGGAGGGGTTTTAGCCCCCCCTTC
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TCTAAAATATTTAGCATTTTTGGTGAATAACTATCAATTATGAATATTTT
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GGAGTTTCTTTTCTAAAATAATTCTACGTCGTTCCATTTTGACTTTTTGA
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TGCGTGGTATTTCTGTTACATCGAAAAATCAATAGTTGTTCACGTGTTTT
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TCCTACTTTAGTACTGTAAATCATTACACCTTTTTATTGTAGTTTCATCT
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CTGTTTTCGTTACTCTCGTATATTACAAATAATTTATGGAAAGATGCATA
ATTACCATCGACTTTACTAGTATGCACGCTGATATTACAAGGGAAATGTA
TTTCATTATCCTCTTATATTAAGTCAAACTCTTTACTAAGAGCTGGTATG
GTGGTTTGGCGTCTTTTTGTATCAATGGTCTTACTCACTGTCTCAACCTT
TTCCTTTGGTCTTTAAGTGCTCTTTGAGATCCTTCAATTAGTCACTTAAT
ATATAGTAGAACGATTACCTAATTAATTTTTGAAATTTATGTTGGTATTT
GGATCTGGGCGTGAAGAATAATAATTTAAGCTCATCCCTGATCCATTTTT
TTAAATTATTTTTTATTTTATGATATAAATATAGATCAAATTTACTAGTG
GTTAAAAGTTGATAGATTGAGAGTAAAAAATACCATTAAATGACCAATCG
CTGAATCGAGAATCCAAAAAGTTAAAAAAACATTTTACCTGTGTCGGCTT
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CTTTGAAATGTAACATGGATCATTACCTACGTATAATAAAACGGATATAT
ATATATAATTGCTTCAAAGTGCATTTGTTGCGGATCTTATTCCATAAAAT
CTGATGATTAATAATTTTGCATCTTATTCACACTTCACAAAGCTGTACAT
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TTGTGACACGGATGACTAAATGAAATAACATATTTACAACTTGTAAAAAA
TTTAAGGAATGCCGGAGATTCAATGCACGCTCATATCTATGACAAATAGG
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TGGAAGAGGTACGGAGCCGTTCTTAAAATCCCCCTCGGGAGCGAGAACAC
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GTTAACCCAGAAAATTTGAAATATGATAGCTTAGCTGTCATGATGTTTCA
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TTATTTCAATTCTTACGTGATCTTTTCTCATGAATAAAGTAATAATAATA
ACAGTTGTATAATTTTTTTGTAAATATGTCTTGAAGACTGATAGGTACTT
TAGATTTTAAAGTACTCAATAATAATAATAGAATCATTTTTACAAAATAA
TACTAAATTTAGCAAACGCCTGCAATATTTTATTTATTTTAACGACAATT
TTTATTTCGTATATCAAAATATTTATATGATTTACATCAAGCAGCACGTT
TTTCAGCGCACCTTGTGTACACGTTCAGTACTTTACGTACAACCCTTCCA
TATTTGAATAATACGAKTACACATTTATTTCTNNNNNNNNNNNNNNAACA
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TACTTATTTTTATATAATAACCAACTCCAACATTTAAAGTCATGTCCAAA
AAACAACTTTATAAATATGTTTGTACAACGGTAAAAGTGAAATTCATTAT
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TTAATTATAATTATACAATTATAGAAAAAAATACAGTTGCAAAATTCATA
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TTATTTAATATAAATGTATATATTTGCTTAAAATTCAGTGTATATGGGCT
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ATTATTAATAAGAATAATGGAAACAGTTTTTGCTAAGAAATAGTTGTTGT
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TAATTTCCACGTCTCATTACATTTTCTTTAATTACCTACATCTTCCATTA
TTTGAATGACAACTAGTAACTATCCATTTATTTGATATATAAATATGACT
TGTTTATTTTGGTATTACGAGTAATATAATATTTTATAACTGGTCAATTT
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TTGAAGAACAGTTAATTTTTTTAATACATAAAAATGATTTTTTAATACAT
TTTTATTATTTCAACGAAAAAAAAACCATTACAAATAAGTATACTCAAGC
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TACAATTTGTTTAAATCAAGTAATTAAAACTATATTTATTCTGGAAAGAC
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CATTTTTAAATATCAATTATGTATACTTTTAAATATCTTAGAAAATTTAT
TTTAAAAGAAACAAAAAAAAAGTGAAAAACCACACTAGGTTTATATAAAC
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GTATGATTTCTAAAACTTTAATTTKAAATATGTACTATCATTAAGAAAAA
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AAAAAATAAAAAAGATACCTTAACAATAATTTTTATATTTTCCAAATGTA
TCTTTCTAATTTTGTCGCGTCTAAATTCTATTTTTAAGATAATTTTAGTC
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TTATACAGTACAAGTGGCATTCTATGAAACAGCTCTTTAAGATTGATTTA
CATACAAGAACCAAAAATGGAAACCAACAAATATTGCAACATTTCTGAAA
TTGTTTACCTGAACAAATATAAATAAAAATACAACAAAATTAAATAACAG
TCTTTTTAAAACTTTTAAAAGGGCTGAATAGTATTTTAAAACGAACGAGG
GACCAGTATCTATATGTATTTAAACAAGACGAATAAAAAGCGGAACAAAT
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GTCGATTTAATCTTTTTTTTTTTACTTATATCCTACTCGTATATATAGCC
CAAAATTTTGTGGACATATTTGCAAGAGTTACAGGCTTTGTATTCAAATT
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TCAGTAAATACAAATGTGGTCTACACTCAATTGTGAAAACAAAATACCAA
TTGCTTTTGCGTTAACGATCCATATATATTGTAAAAAGTAAATGGACAGA
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GGCGTCATTATTCGTTTTATATATAAGCAATACAGGATGTTAAAAAGATG
TTAAAACGTATCTACTTATCTATTGACTTCAACTAAAAATCAAATGAGTT
TGAGATTTACAAAAAGCCGATTGTCAATCATTATTCGACTGGAACATCAA
TTTCTTCAATTCTTTAAGGGTAATTTGCCATATACAGAGTGGGCTCTAAA
ACTTGTATTACAATGCAATTTAAATTGTATAATTGTTTCATGCATTAAGA
TGTTTCATTACAAAACTAAAGGACAGCTGAAAATAAAAATAAACAAATTT
CTATTTATCACATGTAAATACAAAAACTAAATAAGCAACGTTTGTTGCGA
GAAGGCTGCAGAGACCCTTGAAGTCTCAATGTAGACTTTTTACAAATCAA
AAAGTCAATTAGAGCTCTGTACAGCCAAAAAGAGCAAAACTATTCCAGCG
ACATCCAATTGGTCGTCCTCCAGCTCAGCCCTCAACCCACTGGACTTTGA
AGTTTGGGGGGTATTTTAGATGAAGTCTGTTCATCCAGAACTGACAATAT
GATTGCTTGTGTTTCAAAGATGTTATCGCTTTTGAACGAGGATATATTGA
ATAATTACTATATCTCAATATATAGTAATTAAAAATATCACAAATTGGTT
TTAAGTTGTCTTTTTGAGATTTTATAAGAGTCAGAGTTTCGTAACTGAGT
CATGCAACTGGAAGTTTTGAGCCTTCACTCTGTACTTATGTTATATATGT
CACCAGCTATATATTGTGAGTACCGTAAATAGTCCCAAAATATGACTCGT
ATCAGAACAACCCTAAATCTACTCAAAATCAATGAGACGTTGCGTGGAGA
CAAACTGTCACGTAAGACCCCTGACATAACTAGTTACTACATACATTGTG
TATATTATTTAAAAAATTCTGGAGATTCCAACTCTACAAAGGATCTTAAA
AATGTAATTAAATAAATGTAACATTATTAAAATACAACACATTAAAACAA
ATAAAAAATYCTTTAATAAATAGTATTTAGTTAATTCTCTTAATTATAAG
GCTTACATACACAGACATATATAAATATGTATACATGAATGTCAAAATAT
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TCGAAAAAAACAATAAATTATAATTTATGTTCTTGTTCCCTCAGGGAATA
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CCTGCTTTTGCATAAAAAGTGCATGTCATGCMCTTTGAATTGCATTTTTT
TAATTCTACATAGGTATATTGTAAGTACAAAATATTTTGTTGCAAAAAGG
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