EMLSAG00000004767, EMLSAG00000004767-687533 (gene) Lepeophtheirus salmonis

Overview
NameEMLSAG00000004767
Unique NameEMLSAG00000004767-687533
Typegene
OrganismLepeophtheirus salmonis (salmon louse)
Associated RNAi Experiments

Nothing found

Homology
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592835585|gb|GAXK01121959.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq26 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 48.9062 bits (115), Expect = 7.800e-6
Identity = 36/172 (20.93%), Postives = 81/172 (47.09%), Query Frame = 0
Query:   63 QGLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSD-----ICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCE-FYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKT-LMQQAGLQLPNNC 227
             G  C  ++ ++  C E + +C+  +++++ + L I+   +  G+  + GL+   CD  +KY+ +  +  D      C + K  +I  K+  C + T    +   + + +  + K +    C+   TI   C   L EC+ E+ +++     L+ +KT L++ +  ++ NN 
Sbjct:  731 NGDTCHLVKSVVGKCGELWERCHTSREVRRMRDLHIEALVRQYGS--EGGLE--GCDLVQKYRQSGRTPDDPVEDVTCSDTKTMDIQTKFQTCSHST---ATSVYQTIQDLTSVKIISDKLCKALTTIGTVCVKHLNECFAEDDVRQMRKSHLEEMKTFLLRISHEKVTNNA 1225          
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592835597|gb|GAXK01121947.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq14 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 48.9062 bits (115), Expect = 9.172e-6
Identity = 33/160 (20.62%), Postives = 74/160 (46.25%), Query Frame = 0
Query:   63 QGLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSD-----ICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCE-FYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKTLM 216
             G  C  ++ ++  C E + +C+  +++++ + L I+   +  G+  + GL+   CD  +KY+ +  +  D      C + K  +I  K+  C + T    +   + + +  + K +    C+   TI   C   L EC+ E+ +++     L+ +KT +
Sbjct:  893 NGDTCHLVKSVVGKCGELWERCHTSREVRRMRDLHIEALVRQYGS--EGGLE--GCDLVQKYRQSGRTPDDPVEDVTCSDTKTMDIQTKFQTCSHST---ATSVYQTIQDLTSVKIISDKLCKALTTIGTVCVKHLNECFAEDDVRQMRKSHLEEMKTFL 1351          
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592835579|gb|GAXK01121965.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq32 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 48.521 bits (114), Expect = 1.025e-5
Identity = 33/160 (20.62%), Postives = 74/160 (46.25%), Query Frame = 0
Query:   63 QGLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSD-----ICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCE-FYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKTLM 216
             G  C  ++ ++  C E + +C+  +++++ + L I+   +  G+  + GL+   CD  +KY+ +  +  D      C + K  +I  K+  C + T    +   + + +  + K +    C+   TI   C   L EC+ E+ +++     L+ +KT +
Sbjct:  658 NGDTCHLVKSVVGKCGELWERCHTSREVRRMRDLHIEALVRQYGS--EGGLE--GCDLVQKYRQSGRTPDDPVEDVTCSDTKTMDIQTKFQTCSHST---ATSVYQTIQDLTSVKIISDKLCKALTTIGTVCVKHLNECFAEDDVRQMRKSHLEEMKTFL 1116          
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592835587|gb|GAXK01121957.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq24 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 48.521 bits (114), Expect = 1.027e-5
Identity = 36/171 (21.05%), Postives = 81/171 (47.37%), Query Frame = 0
Query:   64 GLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSD-----ICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCE-FYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKT-LMQQAGLQLPNNC 227
            G  C  ++ ++  C E + +C+  +++++ + L I+   +  G+  + GL+   CD  +KY+ +  +  D      C + K  +I  K+  C + T    +   + + +  + K +    C+   TI   C   L EC+ E+ +++     L+ +KT L++ +  ++ NN 
Sbjct:  731 GDTCHLVKSVVGKCGELWERCHTSREVRRMRDLHIEALVRQYGS--EGGLE--GCDLVQKYRQSGRTPDDPVEDVTCSDTKTMDIQTKFQTCSHST---ATSVYQTIQDLTSVKIISDKLCKALTTIGTVCVKHLNECFAEDDVRQMRKSHLEEMKTFLLRISHEKVTNNA 1222          
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592835599|gb|GAXK01121945.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq12 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 48.521 bits (114), Expect = 1.100e-5
Identity = 36/172 (20.93%), Postives = 81/172 (47.09%), Query Frame = 0
Query:   63 QGLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSD-----ICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCE-FYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKT-LMQQAGLQLPNNC 227
             G  C  ++ ++  C E + +C+  +++++ + L I+   +  G+  + GL+   CD  +KY+ +  +  D      C + K  +I  K+  C + T    +   + + +  + K +    C+   TI   C   L EC+ E+ +++     L+ +KT L++ +  ++ NN 
Sbjct:  861 NGDTCHLVKSVVGKCGELWERCHTSREVRRMRDLHIEALVRQYGS--EGGLE--GCDLVQKYRQSGRTPDDPVEDVTCSDTKTMDIQTKFQTCSHST---ATSVYQTIQDLTSVKIISDKLCKALTTIGTVCVKHLNECFAEDDVRQMRKSHLEEMKTFLLRISHEKVTNNA 1355          
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592835577|gb|GAXK01121967.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq34 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 48.521 bits (114), Expect = 1.144e-5
Identity = 36/171 (21.05%), Postives = 81/171 (47.37%), Query Frame = 0
Query:   64 GLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSD-----ICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCE-FYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKT-LMQQAGLQLPNNC 227
            G  C  ++ ++  C E + +C+  +++++ + L I+   +  G+  + GL+   CD  +KY+ +  +  D      C + K  +I  K+  C + T    +   + + +  + K +    C+   TI   C   L EC+ E+ +++     L+ +KT L++ +  ++ NN 
Sbjct:  731 GDTCHLVKSVVGKCGELWERCHTSREVRRMRDLHIEALVRQYGS--EGGLE--GCDLVQKYRQSGRTPDDPVEDVTCSDTKTMDIQTKFQTCSHST---ATSVYQTIQDLTSVKIISDKLCKALTTIGTVCVKHLNECFAEDDVRQMRKSHLEEMKTFLLRISHEKVTNNA 1222          
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592835581|gb|GAXK01121963.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq30 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 48.521 bits (114), Expect = 1.163e-5
Identity = 36/171 (21.05%), Postives = 81/171 (47.37%), Query Frame = 0
Query:   64 GLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSD-----ICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCE-FYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKT-LMQQAGLQLPNNC 227
            G  C  ++ ++  C E + +C+  +++++ + L I+   +  G+  + GL+   CD  +KY+ +  +  D      C + K  +I  K+  C + T    +   + + +  + K +    C+   TI   C   L EC+ E+ +++     L+ +KT L++ +  ++ NN 
Sbjct:  731 GDTCHLVKSVVGKCGELWERCHTSREVRRMRDLHIEALVRQYGS--EGGLE--GCDLVQKYRQSGRTPDDPVEDVTCSDTKTMDIQTKFQTCSHST---ATSVYQTIQDLTSVKIISDKLCKALTTIGTVCVKHLNECFAEDDVRQMRKSHLEEMKTFLLRISHEKVTNNA 1222          
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592835582|gb|GAXK01121962.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq29 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 48.521 bits (114), Expect = 1.170e-5
Identity = 36/171 (21.05%), Postives = 81/171 (47.37%), Query Frame = 0
Query:   64 GLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSD-----ICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCE-FYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKT-LMQQAGLQLPNNC 227
            G  C  ++ ++  C E + +C+  +++++ + L I+   +  G+  + GL+   CD  +KY+ +  +  D      C + K  +I  K+  C + T    +   + + +  + K +    C+   TI   C   L EC+ E+ +++     L+ +KT L++ +  ++ NN 
Sbjct:  731 GDTCHLVKSVVGKCGELWERCHTSREVRRMRDLHIEALVRQYGS--EGGLE--GCDLVQKYRQSGRTPDDPVEDVTCSDTKTMDIQTKFQTCSHST---ATSVYQTIQDLTSVKIISDKLCKALTTIGTVCVKHLNECFAEDDVRQMRKSHLEEMKTFLLRISHEKVTNNA 1222          
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592835602|gb|GAXK01121942.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq9 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 48.521 bits (114), Expect = 1.207e-5
Identity = 36/172 (20.93%), Postives = 81/172 (47.09%), Query Frame = 0
Query:   63 QGLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSD-----ICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCE-FYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKT-LMQQAGLQLPNNC 227
             G  C  ++ ++  C E + +C+  +++++ + L I+   +  G+  + GL+   CD  +KY+ +  +  D      C + K  +I  K+  C + T    +   + + +  + K +    C+   TI   C   L EC+ E+ +++     L+ +KT L++ +  ++ NN 
Sbjct:  873 NGDTCHLVKSVVGKCGELWERCHTSREVRRMRDLHIEALVRQYGS--EGGLE--GCDLVQKYRQSGRTPDDPVEDVTCSDTKTMDIQTKFQTCSHST---ATSVYQTIQDLTSVKIISDKLCKALTTIGTVCVKHLNECFAEDDVRQMRKSHLEEMKTFLLRISHEKVTNNA 1367          
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Match: gi|592835580|gb|GAXK01121964.1| (TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq31 transcribed RNA sequence)

HSP 1 Score: 48.1358 bits (113), Expect = 1.266e-5
Identity = 33/160 (20.62%), Postives = 74/160 (46.25%), Query Frame = 0
Query:   63 QGLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSD-----ICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCE-FYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKTLM 216
             G  C  ++ ++  C E + +C+  +++++ + L I+   +  G+  + GL+   CD  +KY+ +  +  D      C + K  +I  K+  C + T    +   + + +  + K +    C+   TI   C   L EC+ E+ +++     L+ +KT +
Sbjct:  658 NGDTCHLVKSVVGKCGELWERCHTSREVRRMRDLHIEALVRQYGS--EGGLE--GCDLVQKYRQSGRTPDDPVEDVTCSDTKTMDIQTKFQTCSHST---ATSVYQTIQDLTSVKIISDKLCKALTTIGTVCVKHLNECFAEDDVRQMRKSHLEEMKTFL 1116          
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. L. salmonis peptides
Match: EMLSAP00000004767 (pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s250:742123:765557:-1 gene:EMLSAG00000004767 transcript:EMLSAT00000004767 description:"augustus_masked-LSalAtl2s250-processed-gene-7.6")

HSP 1 Score: 513.457 bits (1321), Expect = 0.000e+0
Identity = 255/255 (100.00%), Postives = 255/255 (100.00%), Query Frame = 0
Query:    1 MLSYTFILLMFVKLSHSQESFGIIPGLVSKCSESEIQEIEVRRKKCVTQKEQAFQSSQVEKTQGLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSDICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCEFYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKTLMQQAGLQLPNNCDKEEHQPAGAGSIIASISLIVPLIHLLN 255
            MLSYTFILLMFVKLSHSQESFGIIPGLVSKCSESEIQEIEVRRKKCVTQKEQAFQSSQVEKTQGLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSDICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCEFYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKTLMQQAGLQLPNNCDKEEHQPAGAGSIIASISLIVPLIHLLN
Sbjct:    1 MLSYTFILLMFVKLSHSQESFGIIPGLVSKCSESEIQEIEVRRKKCVTQKEQAFQSSQVEKTQGLLCSYIEEIIEDCSEEYNKCYHEQQMKQFKALQIQIFEQLIGAHKDSGLKLNACDTYEKYKMNSFSGSDICDEKKIKEISIKYGACINKTDLFQSKFEKIVSNPKAFKEVEKIFCEFYTILEGCGGILRECYPEEKLKETSSGQLDIIKTLMQQAGLQLPNNCDKEEHQPAGAGSIIASISLIVPLIHLLN 255          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of EMLSAG00000004767 vs. GO
Analysis Date: 2014-04-02 (Blast vs. GO)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000004767 vs. C. finmarchicus
Analysis Date: 2014-05-09 (TblastN vs C. finmarchicus TSA)
Total hits: 25
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|592835585|gb|GAXK01121959.1|7.800e-620.93TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq26 tra... [more]
gi|592835597|gb|GAXK01121947.1|9.172e-620.63TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq14 tra... [more]
gi|592835579|gb|GAXK01121965.1|1.025e-520.63TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq32 tra... [more]
gi|592835587|gb|GAXK01121957.1|1.027e-521.05TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq24 tra... [more]
gi|592835599|gb|GAXK01121945.1|1.100e-520.93TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq12 tra... [more]
gi|592835577|gb|GAXK01121967.1|1.144e-521.05TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq34 tra... [more]
gi|592835581|gb|GAXK01121963.1|1.163e-521.05TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq30 tra... [more]
gi|592835582|gb|GAXK01121962.1|1.170e-521.05TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq29 tra... [more]
gi|592835602|gb|GAXK01121942.1|1.207e-520.93TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq9 tran... [more]
gi|592835580|gb|GAXK01121964.1|1.266e-520.63TSA: Calanus finmarchicus comp107123_c10_seq31 tra... [more]

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BLAST of EMLSAG00000004767 vs. L. salmonis peptides
Analysis Date: 2014-05-10 (Blastp vs. self)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
EMLSAP000000047670.000e+0100.00pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s250:74212... [more]
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BLAST of EMLSAG00000004767 vs. SwissProt
Analysis Date: 2017-02-10 (Blastp vs. SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000004767 vs. Select Arthropod Genomes
Analysis Date: 2017-02-20 (Blastp vs. Selected Arthropods)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000004767 vs. nr
Analysis Date: 2017-02-20 (Blastp vs. NR (2/2017))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of EMLSAG00000004767 vs. Tigriopus kingsejongenis genes
Analysis Date: 2018-04-18 (Blastp vs. Tigriopus kingsejongensis proteins)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
LSalAtl2s250supercontigLSalAtl2s250:742123..765557 -
Analyses
This gene is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
ensembl2013-09-26 .965016
Blast vs. GO2014-04-02
TblastN vs C. finmarchicus TSA2014-05-09
Blastp vs. self2014-05-10
Blastp vs. SwissProt2017-02-10
Blastp vs. Selected Arthropods2017-02-20
Blastp vs. NR (2/2017)2017-02-20
Blastp vs. Tigriopus kingsejongensis proteins2018-04-18
Properties
Property NameValue
Logic nameensemblgenomes
Descriptionaugustus_masked-LSalAtl2s250-processed-gene-7.6
Biotypeprotein_coding
EvidenceIEA
NoteHypothetical protein
Cross References
External references for this gene
DatabaseAccession
Ensembl Metazoa (gene)EMLSAG00000004767 (primary cross-reference)
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameSpeciesType
EMLSAT00000004767EMLSAT00000004767-700614Lepeophtheirus salmonismRNA


Sequences
The following sequences are available for this feature:

gene from alignment at LSalAtl2s250:742123..765557-

Legend: mRNA
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>EMLSAG00000004767-687533 ID=EMLSAG00000004767-687533|Name=EMLSAG00000004767|organism=Lepeophtheirus salmonis|type=gene|length=23435bp|location=Sequence derived from alignment at LSalAtl2s250:742123..765557- (Lepeophtheirus salmonis)
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