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Associated RNAi Experiments
Homology
BLAST of EMLSAG00000003231 vs. L. salmonis peptides
Match: EMLSAP00000003231 (pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s1783:184:17454:-1 gene:EMLSAG00000003231 transcript:EMLSAT00000003231 description:"maker-LSalAtl2s1783-augustus-gene-0.5") HSP 1 Score: 575.474 bits (1482), Expect = 0.000e+0 Identity = 293/293 (100.00%), Postives = 293/293 (100.00%), Query Frame = 0
Query: 1 MNPFSNRNNSGSLTGGTSSNVFPNEKVQGAFDVEIFYQIEIDSEEDMNIWCSLELPEVGQKFLFLGENGSGVEDMSGDEDQEVSGSGXKEXLILPEGFDSEIIESVKLNEIEDEMHKVFNETNSLSEQTAEEQETTNRELVKDNYILEDEHIDILLKEENSTLEPSDKKEDATDKKQETTNKELVKDTDIAEDEEMIVLLKEENSLLEZTAMKKEPTNKEENGWGVEVINGDEHLNQSGSGEGQTIHETIDSEIIQLVKENHIAENDTMDILFKETNSILKKQQTKTRQLIRN 293
MNPFSNRNNSGSLTGGTSSNVFPNEKVQGAFDVEIFYQIEIDSEEDMNIWCSLELPEVGQKFLFLGENGSGVEDMSGDEDQEVSGSGXKEXLILPEGFDSEIIESVKLNEIEDEMHKVFNETNSLSEQTAEEQETTNRELVKDNYILEDEHIDILLKEENSTLEPSDKKEDATDKKQETTNKELVKDTDIAEDEEMIVLLKEENSLLEZTAMKKEPTNKEENGWGVEVINGDEHLNQSGSGEGQTIHETIDSEIIQLVKENHIAENDTMDILFKETNSILKKQQTKTRQLIRN
Sbjct: 1 MNPFSNRNNSGSLTGGTSSNVFPNEKVQGAFDVEIFYQIEIDSEEDMNIWCSLELPEVGQKFLFLGENGSGVEDMSGDEDQEVSGSGXKEXLILPEGFDSEIIESVKLNEIEDEMHKVFNETNSLSEQTAEEQETTNRELVKDNYILEDEHIDILLKEENSTLEPSDKKEDATDKKQETTNKELVKDTDIAEDEEMIVLLKEENSLLEZTAMKKEPTNKEENGWGVEVINGDEHLNQSGSGEGQTIHETIDSEIIQLVKENHIAENDTMDILFKETNSILKKQQTKTRQLIRN 293
BLAST of EMLSAG00000003231 vs. L. salmonis peptides
Match: EMLSAP00000001772 (pep:novel supercontig:LSalAtl2s:LSalAtl2s1300:120944:130578:-1 gene:EMLSAG00000001772 transcript:EMLSAT00000001772 description:"maker-LSalAtl2s1300-snap-gene-0.43") HSP 1 Score: 48.1358 bits (113), Expect = 2.283e-7 Identity = 43/128 (33.59%), Postives = 65/128 (50.78%), Query Frame = 0
Query: 115 MHKVFNETNSLSEQTAEEQETTNRELVK------------DNYILEDEHIDILLKEENSTLEPSDKKEDATDKKQETTNK----------ELVKDTDIAEDEEMIVLLKEENSLLEZTAMKKEPTNKE 220
M +F E N++ E+TAE Q+ N ++K DN ++ E ++I +K + E S KKE + K+ NK E+V+ DIA+D+E+ + LKE SL E TA K+E N E
Sbjct: 1 MDILFKEANAIFEKTAENQDEVNYIVLKEDNSLFVKTEENDNQYVDYEEMNIFMKVASYFFELSAKKEKSATKRLIKDNKLPETEKASIIEMVEKNDIAKDDEVGMPLKEAKSLFELTAEKEEVMNNE 128
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of EMLSAG00000003231 vs. GO
Analysis Date: 2014-04-02 ( Blast vs. GO)
Total hits: 0
| Match Name | E-value | Identity | Description | |
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Alignments
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| LSalAtl2s1783 | supercontig | LSalAtl2s1783:184..17454 - |
Analyses
This gene is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Logic name | ensemblgenomes |
| Description | maker-LSalAtl2s1783-augustus-gene-0.5 |
| Biotype | protein_coding |
| Evidence | IEA |
| Note | Hypothetical protein |
Cross References
External references for this gene
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
gene from alignment at LSalAtl2s1783:184..17454- Legend: mRNA Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >EMLSAG00000003231-685997 ID=EMLSAG00000003231-685997|Name=EMLSAG00000003231|organism=Lepeophtheirus salmonis|type=gene|length=17271bp|location=Sequence derived from alignment at LSalAtl2s1783:184..17454- (Lepeophtheirus salmonis)
ATGAATCCCTTCTCTAATAGGAACAATTCGGGCTCATTGACTGGAGGTAC
GAGCAGCAATGTCTTTCCAAATGAAAAGGTCCAGGGTGCATTTGATGTGG
AAATATTTTATCAAATAGAAATTGATTCAGAAGAAGATATGAATATTTGG
TGCTCTCTTGAGTTACCTGAAGTGGGTCAAAAGGTTCAATTGGATTACGT
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TGTAGGCAGATGTGTATTTTTATGCTTAAAAATCAAATGGAAAAACCTAA
TTCACTTTGTACTATATTACTCCCTGTTTATAGCATCAACATCAGAGATT
ATATATGAAGTAATGTGCTGCAATTAAAATCTCTTCCACGAACACAACAT
CTTTGAAAAAAAAATAAAACAGTTTTTGATTTTAAAAAAATTTCGCACAG
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AATTGGTTTGAACAAATTGAATGTAATGTAAAAATTCTAAATTGTTGAGA
TTTGTCCAAATCAAGTCATGTGAAACAGATTTATTCCAGAAAAAAAAATT
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GCAATTAAATTTGTTGTCAATTTAATTTTGCATCTTTGGTATAGAATTAT
TAGCCCTCTTATAACTCTTAACTTGAAAATTTATTTAAAAAGAAACACAA
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CTCACGTTGGCTGAGGACGAAGTCCAGAAGTCTGCTGGCAAGAAGGCAGA
CATGTTCTCCTCTGCAGAAATGCTTCATCTTCTTGGATGTGTGTACTGAG
GCATCGTCTTCGGTAAACACATAATTGTTCCTGATGAACGTGCTCTTCAA
CCATAGCAAGACTTTTAGCCTGAGGACCTTGTAGTAGACCTCTATGTTGA
CTTTCTCGTTCACCTTGAACAAGTAGTAATGAATCTTGCTGCCATCAGAA
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TGCTTTAAGTTATTGTATATGATTAAGTATATATTTTTAGATACTTATAT
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TATTTAGGTAGTTAGATTAAACTATTTTGTTTCTCTAAAAAAATTAATTT
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TTGGGGCCACGTGAAAGGTTAGGTCTAACACCAACAGCCCAGCGTCGATT
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AGTGTAGCTGTGGCAGCCATTTGTTTGAGGATTGTTTTCCATTATTAACG
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TTATTTCGTTATTTTTCGTTAAAAATATGTTTTTCGAGAATTTTCGATTT
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ATATGAAAATAATCAATAATTCTTACAATTCAGATTCGTTTTGCAAAATT
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AGAGAAAATGCAATTAAAAGGTTAAAAAAATCCTTTCCCAGTCCCAAAAA
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AAAAACAGACTTACAAAAATTGATTAAACCTTGCGTTAAGCATTGCTTGA
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TTAGATTACATTTTTGTTATTTTGTTTTTTAATCATATTAAAAAAAAAAA
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TTAATTCAGAAAAAGGCACTTCCAAAATTGATTTTCTTAAAAATATTCAT
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TTATCACAGATGAAGCTTTAAATTATAATAAAGTTATATTTATCTATTGA
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AGATAGGGACATTGTATAATTTTTATGGCTTYAATTATGTAAATATTCAC
TTAACAACTTACAAAACTAAATTAATCTGTAAGATATTTATTTTTAATTA
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TTTTTAACTTTTAATGAAAATTACTCATCAGCCTATAAAAAATTTAAGAA
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GCTTTCAGACGGCGGAAGGCCTGGCACCCGCTGCAGTTGTAGTCATCTGC
GTCCCAGCGCYGGCTAAAAATAGCTTTGCGAGACTTGGTGTTTGGATTGC
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TGCTGGTATCAAAAGTGGTCTCTCCACCATCACAAGGCTCTTTCCACCTA
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TAATACGTTACTTATTACATTTACATAGTTAAAGCTGTTAACTATATTTA
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CCCTTAGAGCCAATCATTTTATCGTACATCCTTAAAATCAAATCCCTTTT
CTCTGACATCCTTTATAATTTATTTGTTGAGACACAACAGTTGTGAAATA
TTACTTACAAGAAAAATAGACTTAAAAATCTATTGAAGGAACCTTGTTAT
GTTTCTCATAACTTGGTTTTAGATCCCTTGGAGGTATATATTTATAGTCT
GAGATATACAAGTCCAAGGATTCGAGTTACTCCAGTAACTAAGTAATGCA
GCCTGTTTCTAATTCTTCTGACAAGAAATAAAAGAGACCAATGCCATCAT
TTTTATCGTTCTTGTATGATTCCAAATTGCTCCACATTTACAGCTTTTCT
CACCTACGTCTCTTATTTACTCGTGATCTCCTAATACCCGACCTTAAAGT
GCCTTAGTGGCTTGTAGTMCCACAGYCAMCCGCCTCTTCTTATGAAACAT
CATGGATCACAACCAAGTGGAAATCATTACACTTATCTGATATATTGCTT
TTTCGTTTATCCGTGAGTCTTTTTCGTTTTTTATTTTTATATTTAATATA
TTATTTAAATGCCATTGATTTAAATAATATATTAGTTTGCAAATAATTGA
CCTATATGACATATATAGCCAACGAACAATACCTATTTTTCAAACTATCA
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GTGTCGGCAAAATGCTATTTCGACATAATTTATCATTAACATTGTTTTTT
AGGGCATTAATTTTGGGGTGGCGAAGTCTACAAACTTTTTTTTTAGGCAG
AAGTCCTAAACCAGAAGGTTAGAATCCGGGTTGTAGGGGAGTCATCTGTT
TGATGATCCCAAAAAGGAAGGTTGTCCTTCAAGAAATTATGGGCTTCCTT
TGGAGTATTAGGAGGTTCACCATCCAGCTGTATGACCTCCCATCTGTTCT
TCTATGGTTCCAGACATTGTTATTTTTGAAGCATTGACGCTATTTGCATG
GGTCCATACTACGTATACTCTTCAGTGGGCCGGCAGTGACAGCTACCTCC
ACATAATTGGGGTCCAATTTAGGCTTCTTGCTAGAGCTTCCTATGCTCCC
ATTTTTCTTTTGACATTGTTACCATGGTTGCTATTACCTGTCTTGTAATC
TCGAAAGAAGTAGTTCCTGGGTGAAAAATGCTTCAATCATGATTATTTGG
TGGCGTTCCACCAAACACATCTTTGATCAGACGTATTATTGTTACCCAAA
TATTTCCTTATATATCTCATCTCTAATTAATTTCACTTAAGTTTTAACAA
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